Sebagai lembaga pendidikan Islam asli Indonesia, pesantren tumbuh dan berkembang dengan pesat ke berbagai wilayah Nusantara hingga saat ini. Bahkan, sejak era kolonialisme, tepatnya pada tahun 1862, jumlah santri di Jawa tercatat telah mencapai 94.000 orang. Jumlah itu terus bertambah hingga lebih dari 162.000 pada satu dekade berikutnya. Pemerintah kolonial melaporkan setidaknya terdapat 11.000 pesantren dengan total keseluruhan melebihi angka 272.000 santri di daerah Jawa pada tahun 1893 (Riklefs, 2008).
Dengan berbagai ciri khas pendidikan intelektual, spiritual, maupun moral yang kuat, pesantren dinilai sebagai lembaga pendidikan Islam yang sangat ideal. Hingga dewasa ini, pesantren telah diakui oleh kalangan luas sebagai lembaga pendidikan yang memiliki banyak keunggulan, mulai dari aspek transmisi dan internalisasi moralitas, hingga tradisi keilmuan yang disebut sebagai tradisi agung (great tradition) oleh Martin Van Bruinessen.
Sebetulnya, kelebihan dari pondok pesantren telah terlihat sejak polemik kebudayaan dalam rentang tahun 1930-an, demikian yang dinyatakan oleh Malik Fajar. Di mana, sebagai salah seorang cendekiawan yang terlibat dalam polemik tersebut, Dr Sutomo menyerukan supaya prinsip sistem pada pendidikan pesantren digunakan sebagai landasan pembangunan pendidikan nasional. Sekitar tahun 1970-an ada Abdurahman Wahid, seorang tokoh muslim pesantren yang mempopulerkan gagasannya bahwa pesantren sebagai subkultur bangsa Indonesia (Djazilam, 2019). Testimoni dari para tokoh bangsa tersebut menandakan jika pesantren memang salah satu lembaga pendidikan Islam yang memiliki peranan urgen sebagai pewaris tradisi budaya Indonesia.
Sejalan dengan perkembangan zaman, pesantren pun mengalami berbagai perubahan. Namun demikian, pesantren tetaplah mempunyai fungsi sebagai lembaga pendidikan transfer keilmuan dan nilai-nilai ajaran Islam. Selain itu pesantren juga tetap memiliki fungsi sebagai sistem kontrol dan juga rekayasa sosial. Kedua fungsi ini tentunya haruslah dipertahankan, sekaligus juga diberikan inovasi-inovasi yang lebih kreatif.