Sebelum Syeikh Singkil pulang dari pengembaraannya menuntut ilmu, di Kerajaan Aceh Darusalam telah berkembang paham atau ajaran wujudiyah. Oleh Nurrudin ar-Raniri, ajaran wujudiyah tersebut dianggap sesat bahkan penganutnya ia anggap telah murtad (keluar dari agama Islam). Hal ini juga didukung oleh kebijakan politis dari Kerajaaan Aceh Darusalam, sehingga diberlakukan hukuman bagi pengikut aliran ini.
Syeikh Singkil, setelah pulang ke Aceh, memberikan respons terhadap apa yang dilakukan Nurrudin ar-Raniri terhadap aliran tasawuf wujudiyah. Syeikh Singkil, apa yang dilakukan Nurrudin ar-Raniri merupakan tindakan yang terlalu emosional. Dalam pandangannya, konsep martabat tujuh itu letaknya pada kedudukan Tuhan dan segala sesuatu yang Dia ciptakan.
Dalam hal ini, Syeikh Singkil menekankan pada aspek transendensi Tuhan terhadap ciptaan-Nya ketimbang aspek imanensi yang dalam pandangannya merupakan paham aliran tasawuf wujudiyah. Pendapatnya tersebut ia sandarkan dari apa yang diungkapkan oleh Nur Muhammad bahwa pada dasarnya Tuhan itu menciptakan suatu ciptaan-Nya ialah sebagai sumber entitas lahir saja, yaitu ciptaan yang bentuknya konkret yang sangat berbeda dari wujud mutlak. Pemahamannya inilah yang dapat dikatakan bahwa beliau menolak paham aliran tasawuf wujudiyah yang berkembang di Kerajaan Aceh Darusalam.
Rekonsiliasi Syariat-Tasawuf
Dalam mengembangkan tasawufnya, Syeikh Singkil berusaha untuk merekonsiiasi antara syariat dan tasawuf seperti halnya yang dilakukan oleh Syeikh Syamsuddin al-Sumanterani (murid Hamzah Fansuri) dan Syeikh Nurrudin ar-Raniri. Langkahnya adalah dengan menganut paham wujud yang hakiki, yakni Allah SWT.
Menurutnya, segala ciptaan Allah bukanlah wujud yang hakiki, melainkan hanya bayang-bayang dari wujud yang hakiki. Sehingga dapat ditarik benang merah bahwa Allah sebagai Sang Khalik berbeda dengan ciptaan-Nya. Meskipun demikian, antara yang memancarkan bayang-bayang (Allah SWT) dan bayang-bayang (ciptaan-Nya) memiliki persamaan atau keserupaan. Oleh karena itulah maka berbagai sifat pada manusia atau alam sekitar ini merupakan bayang-bayang dari Allah, seperti hidup, mendengar, melihat, dan lain sebagainya.
Menurut Syeikh Singkil, terdapat tiga martabat wujud Tuhan, yakni martabat ahadiyah, martabat wahdah, dan martabat martabat wahdiyah. Martabat ahadiyah diartikan bahwa alam semesta ketika belum diciptakan merupakan sesuatu yang gaib yang masih dalam genggaman Tuhan. Martabat wahdah diartikan bahwa sudah terciptanya Muhammadiyah yang berpotensi terbentuknya alam semesta. Adapun, martabat wahdiyah berarti bahwa di sinalah terbentuknya alam semesta.
Menurut Syeikh Singkil, lafaz “Kami Engkau, Aku Engkau, dan Engkau Dia” merupakan suatu lafaz yang berada pada tingkat martabat wahdah, karena saat itu antara unsur Tuhan dan manusia masih belum bisa dibedakan. Tingkatan-tingkatan inilah yang dimaksudkan oleh Syeikh Singkil sebagaimana dalam syair-syair dari Ibnu al-Arabi.
Namun setelah pada tingkatan martabat wahdiyah, alam ciptaan-Nya telah mempunyai sifatnya tersendiri. Pada masa ini Tuhan merupakan cerminan dari ciptaan-Nya, tetapi Dia bukanlah sesuatu lainnya. Kemudian, Syeikh Singkil menegaskan bahwa satu-satunya jalan mencapai tingkat kepercayaan tentang adanya wujud Tuhan adalah dengan berzikir la ilaha ilallah.