Mereka berdua inilah yang menjadi guru pertama bagi Syekh Mahfudz. Syekh Mahfudz dibekali dengan dasar-dasar ilmu agama oleh ibu dan pamannya. Sejak kecil, Syekh Mahfudz telah menunjukkan kepintarannya. Hal ini dibuktikan dengan kemampuannya menghafal Al-Qur’an 30 Juz pada saat usianya baru 6 tahun.
Ketika beranjak dewasa, Syekh Mahfudz dipanggil ayahnya untuk ke Mekkah. Singkat cerita, ketika Syekh Mahfudz sampai di Mekkah, dia diperkenalkan dengan kitab-kitab induk oleh ayahnya. Di sana, Syekh Mahfudz banyak menghabiskan waktuya untuk belajar kitab Syarah al-Ghayah li Ibni Qasim al-Ghuzza, Al-Manhaj al-Qawim, Fathul Mu’in, Fathul Wahhab, dan Tafsir Jalalain. Semua kitab ini dipelajari Syekh Mahfudz di bawah bimbingan ayahnya.
Ketika merasa cukup belajar di Mekkah, Syekh Mahfudz akhirnya memutuskan untuk kembali ke tanah air dan belajar kepada Syekh Saleh Darat as Samarani, seorang ulama besar di Tanah Jawa pada waktu itu. Di bawah bimbingan Syekh Shalih Darat as Samarani ini, Syekh Mahfudz banyak mengkaji kitab pokok seperti Tafsir Jalalain, Syarah Syarqawi ‘ala al-Hikam, Syarah al-Maradinifi al-Falak, dan Wasilatut Thullab.
Setelah semua kitab tersebut berhasil dikhatamkannya, Syekh Mahfudz memutuskan untuk kembali ke Hijaz dan memperdalam ilmunya. Sewaktu di Hijaz inilah Syekh Mahfudz banyak menghabiskan waktunya untuk belajar dengan para ulama terkemuka di Hijaz waktu itu.
Adapun, nama guru-guru Syekh Mahfudz sewaktu di Hijaz di antaranya adalah Syekh Muhammad Sa;id al-Hadrami, Sayyid Ahmad az-Zawawi, Syekh Muhammad Amin al-Madani, Syekh Syarbani ad-Dimyathi, dan masih banyak lagi. Dari guru-gurunya inilah Syekh Mahfudz memperoleh sanad keilmuan. Sanad keilmuan yang dimiliki Syekh Mahfudz sangat banyak dan beragam bidang, seperti sanad tafsir, hadis, fikih, nahu-saraf, ushul fikih, tasawuf, tauhid, dan masih bayak lagi.