Maka jangan heran ketika Syekh Mahfudz diakui keunggulannya oleh ulama-ulama besar dunia. Berkat kealiman dan keluasan ilmunya ini Syekh Mahfudz diberikan amanah menjadi Imam Besar Masjidil Haram. Ini prestasi luar bisa yang dicetak oleh seorang ulama Nusantara selain Syekh Nawawi al-Bantani.
Dalam bidang ilmu hadis, Syekh Mahfudz-lah rajanya. Karena dia berhasil menghafalkan hadis beserta sanad-sanadnya sekaligus. Berkat kepandaian dan kepakarannya dalam bidang hadis ini, Syekh Mahfudz dijuluki sebagai Imam Bukhari dari Tanah Jawa. Maka, Syekh Mahfudz sering menjadi referensi bagi ulama-ulama besar yang fokus mengkaji hadis seperti Syekh Yasin bin Isa al-Fadani yang dijuluki sebagai Musnid ad-Dunya. Selain itu, Syekh Mahfudz produktif menulis kitab, misalnya Al-Mihnah al-Khairiyah fi Arba’in Haditsan min Ahaadis Khair al-Bariyyah, Muhibah Dzy al-Fadhl, Al-Kil’ah al-Fikriyah bi Syarah al-Minhah al-Khairiyyah, dan lain sebagainya.
Syekh Mahfudz bermukim di Mekkah selama 40 tahun. Selama di Mekkah ini, Syekh Mahfudz banyak menghabiskan waktunya untuk mengajar para muridnya. Kebanyakan muridnya berasal dari Tanah Air yang menunaikan ibadah haji sambil menuntut ilmu. Adapun, murid Syekh Mahfudz yang dari Indonesia di antaranya adalah KH Hasyim Asyari, Syekh Ihsan al-Jampesi, KH Baidhawi Lasem, KH Ma’shum Lasem, Abdul Wahab Hasbullah, KH Shiddiq Jember, KH Baqir Jogja, Ali al-Banjari, dan masih banyak lagi yang tidak mungkin kita sebutkan satu per satu.
Syekh Mahfudz wafat di Makkah pada 22 Maret 1920 M. Kemudian jenazahnya dikebumikan berdampingan dengan makam istri Rasulullah Saw, Siti Khadijah.