Dalam realitasnya, modernisasi merupakan perubahan-perubahan masyarakat yang bergerak dari keadaan yang tradisional atau pra-modern kepada suatu masyarakat yang modern. Pesantren yang bergerak dari tradisional menuju modern adalah suatu proses pendidikan pesantren ke arah transformasi.
Transformasi pendidikan pesantren bukanlah hal yang terjadi begitu saja tanpa sebab yang melatarbelakanginya. Transformasi pendidikan didasari adanya perubahan sosial yang terjadi di masyarakat secara kolektif.
Pondok pesantren adalah lembaga pendidikan agama Islam. Jika modernisasi yang terjadi dalam masyarakat mampu menyentuh ranah religius yang merupakan wajah pendidikan pesantren, maka sangat wajar jika dalam pesantren terjadi transformasi pendidikan untuk menjawab tantangan modernisasi yang terjadi di dalam masyarakat global.
Perubahan paradigma di kalangan umat Islam terhadap nilai-nilai yang telah mapan sebelumnya, adalah akibat dari adanya tuntutan perubahan modernisasi kelembagaan pendidikan, terutama pada pesantren yang selama ini sangat akrab dengan pendekatan tradisional. Modernisasi di dunia dakwah dan pendidikan Islam kontemporer, tidak hanya mengubah basis sosio kultural dan pengetahuan santri semata, tetapi berdampak pada umat Islam secara keseluruhan.
Transformasi pendidikan yang terjadi di pesantren secara umum saat ini merupakan bagian dari upaya untuk memanusiakan manusia. Karena pendidikan, selain mengupayakan bagaimana seorang manusia itu memiliki akhlak yang baik, juga dituntut untuk memberikan sebuah keterampilan khusus sehingga lulusannya nantinya benar-benar siap memasuki dunia kerja yang penuh dengan kompetisi.
Perubahan dan perkembangan ini mempengaruhi pesantren tradisional, yang cenderung mengadopsi atau beradaptasi dengan situasi baru. Namun, sebagian pesantren masih tetap bertahan dengan kondisi tradisionalnya.
Dilihat dari unsur kelembagaannya dan kurikulumnya, maka pesantren sudah mengalami transformasi dalam tiga pola. Pertama, pola tradisional (salaf). Kedua, pola modern (khalaf). Ketiga, kombinasi tradisional-modern.
Transformasi ini terjadi karena di antara pesantren-pesantren tradisional itu cenderung beradaptasi dengan sistem modern sebagai dampak dari arus perubahan global; dan sementara yang lainnya tetap mempertahankan nilai-nilai tradisionalnya. Meskipun demikian, ketiga pola ini masih mempertahankan identitas pesantrennya.