Pesantren merupakan tempat tinggal para santri dalam menuntut ilmu agama. Semua kegiatan santri diatur secara keseluruhan. Sehingga perlu adanya aturan secara konsisten yang diterapkan oleh pengurus untuk bisa mengontrol para santri dalam melaksanakan semua kegiatan yang ada di pesantren. Misalnya, sholat berjamaah, mengaji, belajar bersama, kajian kitab-kitab kuning, bahkan jam tidur pun diatur. Pesantren menjadi rumah kedua bagi santri. Karena di pesantren ia tidak bersama dengan kedua orang tua dan dipaksa untuk bisa hidup secara mandiri.
Selain dituntut hidup mandiri, para santri harus mampu bersosial dengan yang lainnya untuk menjaga persaudaraan selama berada di pesantren. Karena secara umum fungsi pesantren adalah menciptakan dan mengembangkan kepribadian muslim yang dapat berperan aktif di dalam lingkungan masyarakat modern saat ini melalui fungsi pendidikan, religi, sosial, serta penambahan fungsi ekonomi pada pesantren. Pesantren menjadi tempat utama untuk bisa mendidik para santri secara komplit. Yaitu, selain dididik ilmu agama, juga dididik etika yang baik dan sopan kepada sesama, yang lebih tua, bahkan yang lebih muda. Serta dididik untuk bisa mengatur keuangan.
Dalam melaksanakan kegiatan pesantren dengan beberapa aturan, tentunya ada sebagian santri yang melanggar atau tidak taat dengan peraturan yang diberlakukan oleh pengurus kepada santri. Misalnya, telat salat berjemaah, tidur saat kajian berlangsung, dan semacamnya. Bahkan ada pelanggaran yang sampai melampaui batas. Seperti membawa handphone, pacaran, mencuri, dan sejenisnya. Hal-hal yang seperti ini menjadi tugas para pengurus pondok untuk menghukum para santri yang melanggar peraturan pesantren. Hukuman yang biasanya diterapkan oleh pengurus ialah hukuman iqab sebagai bentuk sanksi, misalnya membersihkan kamar mandi atau membaca istighfar 1000 kali dan lain sebagainya.
Pelanggaran yang melampaui batas atau santri yang melanggar berulang kali selain dihukum berat atau memanggil wali santri, perlu adanya konseling yang juga harus diterapkan kepada santri. Konseling bisa menjadi sebagai upaya untuk mencari jalan keluar dari permasalahan yang berulang kali terjadi bahkan sampai kepada tidak terjadi pelanggaran yang dilakukan. Konseling bisa menjadi sebagai sebuah pelayan untuk menyelesaikan masalah santri dan menemukan titik temu dalam menghadapi dan mengatasi masalah.