Pembangunan Pesantren As’adiyah Sebantik ini berawal dari kepedulian salah satu pengusaha Pulau Sebatik, Haji Ali Karim, pada pendidikan anak-anak di perbatasan. Pada 2014, Haji Ali Karim membeli lahan dan membangun satu gedung untuk pesantren. Di tahun pertama itu, hanya ada 12 santri.
Untuk menutup kekurangan santri, pihak pondok pesantren akhirnya menerima sejumlah murid-murid sekolah umum yang dikeluarkan sekolah karena masalah kedisiplinan atau masalah kenakalan. Di periode pertama itu, dengan berbagai keterbatasannya, Pesantren As’adiyah terus mencoba mendidik anak anak bangsa menjadi pribadi yang religius, nasionalis, dan patriotis. Hasilnya, banyak santrinya menjadi juara di banyak even MTQ.
Setelah itu, banyak orang tua yang mendaftarkan anaknya untuk belajar di pesantren ini. Bahkan, pihak pesantren terpaksa menolak karena tempatnya tidak bisa menampung lagi. Karena banyaknya anak-anak perbatasan yang hendak belajar di pesantren ini, terpaksa pihak pondok mengontrak rumah-rumah penduduk untuk dijadikan asrama.