Namun, karena penyebaran dan penularan Covid-19 yang demikian masif dan melalui relasi antarmanausia, pondok pesantren harus diakui menjadi “komunitas” yang rentan. Social distancing maupun phisycal distancing nyaris tak mungkin dilakukan di lingkungan pondok pesantren. Bayangkan, hampir semua properti di pondok adalah milik bersama: tidur bersama di satu bilik, mandi bersama di jeding umum, barang-barang santri pun disimpan di satu tempat yang sama, salat dan ngaji pun bersama-sama. Sendalmu adalah juga sendalku, dipakai siapa saja. Tidak ada jaminan pula orang-orang di pesantren tidak melakukan kontak dengan orang luar, dan sebaliknya.
Melihat sebaran zona-zona merah penularan Covid-19 yang kian meluas ke daerah-daerah, dapat dipahami jika kemudian pengasuh pondok pesantren mengambil opsi terakhir: meliburkan pesantren. Santri dipulangkan ke rumah masing-masing. Lingkungan pesantren dikosongkan. Pilihan sulit, tapi itulah mungkin yang terbaik. Apalagi, sudah ada pengasuh pondok pesantren yang dinyatakan positif Corona, dan seorang santriwati meninggal dengan status pasien dalam perawatan (PDP) Corona.
Atas pertimbangan itulah, sekitar 4000 santri Pondok Tebuireng, Jombang, mulai dipulangkan secara bertahap. Juga, sekitar 7000 santri Tambakberas Jombang dipulangkan bertahap dari akhir Maret hingga awal April 2020. Pemulangan santri Tambakberas Jombang dilakukan setidaknya dalam 90 kloter.
Salah satu pondok pesantren terbesar di Jawa Timur, yakni Pondok Pesantren An Nur 2 Bululawang, Malang, juga memilih untuk meliburkan santrinya. Pesantren ini juga mulai memulangkan sekitar 7000 ribu ke berbagai daerah di Indonesia.