Kata Buya Syafii, “Dalam pergumulan pemikiranku pasca Chicago, Indonesia dan Islam telah lebur menjadi satu. Islam yang dianut mayoritas penduduk tidak boleh mau menang sendiri. Saudara-saudara sebangsa dan setanah air tetapi berbeda iman haruslah dilindungi dan diperlakukan secara adil dan proporsional.”
Jadi, dalam pandangan Buya Syafii, meski umat Islam di Indonesia adalah mayoritas, namun ekspresi keislaman yang ditampakkan jangan berdasarkan ego mayoritanisme. Sebaliknya, Islam ramah yang mengedepankan sikap bijak kepada non-Muslim, itulah yang perlu mengekspresi dalam laku keberagamaan kita.
Pandangan Buya Syafii terkait relasi Muslim dan non-Muslim dituangkannya dalam satu slogan; “bersaudara dalam perbedaan dan berbeda dalam persaudaraan.” Kata Buya Syafii bahwa, “Dengan formula ini, imanku rasanya tidak semakin lemah, malah semakin kokoh, sementara hubungan persaudaraan dengan siapa pun dapat terjalin secara bebas dan bermartabat. Kalau aku mengatakan bahwa Islam merupakan pilihanku yang terbaik dan terakhir, hak sama harus pula diberikan secara penuh kepada siapa saja yang mempunyai keyakinan selain itu.”
Jadi prinsip “bersaudara dalam perbedaan dan berbeda dalam persaudaraan,” bukan berarti untuk mengesampingkan keimanan agama yang kita peluk. Itu justru mengukuhkan kesadaran beragama kita dalam keragaman. Kita sadar bahwa setiap warga Indonesia punya kemerdekaan dalam beragama, dan beribadah menurut agama yang dipeluknya. Sebagaimana hal itu juga sesuai UUD 1945 Pasal 29 Ayat 2.