Semasa karantina, santri Pesantren Ciganjur mendapat belas kasih dari pengasuh pesantren berupa kebutuhan santri seperti makan setiap harinya. Dan untuk membantu pengasuh menyediakan makanan, santri tiap harinya dijadwalkan masak secara bergantian di ndalem (rumah kiai) sesuai jadwal yang sudah ditentukan.
Penyebaran Covid-19 juga berdampak pada sistem pengajian pesantren, yang mana para pengajarnya berasal dari luar pesantren. Tentu hal ini menyulitkan bagi pesantren untuk menjalankan pengajian secara tatap muka karena kondisi yang tidak memungkinkan. Akhirnya, sebagian kegiatan diliburkan. Namun, ada juga pengajian yang masih diaktifkan, seperti pengajian pengantar filsafat kitab Fashl al-Maqal yang dibimbing oleh Zainul Maarif, salah satu dosen filsafat dari Universitas Paramadina.
Pengajian kitab Fashl al-Maqal kali ini sedikit berbeda karena dilakukan secara online. Santri tetap ngaji di pesantren dan mengikuti pengajian dari gurunya via online live streaming di facebook yang ditampilkan di layar menggunakan proyektor. Pengajian ini disampaikanlangsung oleh Zainul Maarif dari kediamannya.