Pasca Aristoteles, muncul mazhab Sekolastik di Yunani dan Neo-Platonis di Iskandariyah Mesir. Pada masa Neo-Platonis dan Helenistik, ada seorang filsuf dan ahli eksakta perempuan bernama Hiypatia. Ia dihukum mati lantaran pemikiran-pemikirannya yang dituduh sebagai penyihir.
Nabi Muhammad SAW lebih bervariatif. Nabi mengajar di pasar, di padang pasir yang terhampar, di gunung, di gua, di rumah, di masjid, dan pesantren yang santrinya adalah para sahabat Ikhwan as-Shafa. Kadang sambil berjalan, bergerak, berdagang, bertani, berdiam, beribadah, dan lain sebagainya. Karena totalitasnya adalah pelajaran yang harus disampaikan.
Sebagaimana Walisongo mengajar di pematang sawah, di pinggir sungai, laut, lalu majelis pengajian, dan pesantren.
Pesantren awal pun belum mengenal sistem kelas. Masih menggunakan sistem pengajian bandongan, sorogan, ngaji kuping, makanan atau apsahan (makna berbaris).
Akan tetapi, dalam perkembangan selanjutnya muncul sistem kelas yang disebut dengan madrasah. Kemudian, madrasah itu diadopsi masuk ke dalam pesantren. Sehingga sampai sekarang, ada madrasah yang mandiri tidak terintegrasi dengan pesantren yang muridnya dari warga masyarakat kampung setempat. Ada pula madrasah yang ada di dalam pesantren yang muridnya para santri mukim.
Mari kita tarik ke belakang lagi. Sistem kelas itu dalam sejarah Islam ada pada masa Khalifah Harus ar-Rasyid yang kemudian diteruskan oleh al-Makmun. Al-Makmun mendirikan Bayt al-Hikmah. Kegiatannya belajar mengajar, pusat riset dan penerjemahan, dan perpustakaan terbesar sedunia pada zamannya.
Kemudian disusul berdiri madrasah pada zaman Imam al-Juwaini yang disebut Imam al-Haramain. Saat itu berdiri Madrasah an-Nidzhamiyah di Baghdad. Bahkan sampai tingkatan perguruan tinggi, kampus. Lalu Imam al-Juwaini memiliki murid brilian, yaitu Imam al-Ghazali yang di kemudian hari menjabat sebagai rektor an-Nidzhamiyah.