Ini karena pesantrennya juga mengalami evolusi, menyesuaikan diri dengan perkembangan dan tuntutan zaman. Pada mulanya kita hanya mengenal istilah pondok pesantren, tanpa atribusi apa pun. Lalu muncul istilah pesantran salaf dan khalaf, yang menunjukkan adanya perbedaan antara pesantren tradisional dan pesantren modern. Yang pertama menunjuk pada pesantren kuno, tradisional, yang belum tersentuh sistem pendidikan modern dengan sistem pembelajaran sorogan, bandongan, dan wetonan. Yang kedua menunjuk pada pesantren yang sudah mulai menggunakan sistem kelas (klasikal), dengan memasukkan unsur dari sistem pendidikan modern. Lazimnya juga dipahami sebagai pesantren yang telah memadukan sistem pendidikan tradisional dan modern.
Saat ini, sudah banyak pondok pesantren yang mirip, tidak berbeda, dengan lembaga pendidikan non-pesantren. Biasanya distribusi dengan sebutan “pondok pesantren modern” atau kalau mau lebih keren digunakan bahasa internasional, Islamic Boarding School. Di dalam lingkungan pesantren, sudah banyak lembaga-lembaga pendidikan formal, baik yang keagamaan seperti madrasah maupun yang umum seperti SMP/SMA. Selain mahad aly, juga banyak pesantren yang juga memiliki perguruan tinggi umum. Berbagai disipilin ilmu juga diajarkan di dalamnya, dan di sanalah para mahasantri belajar.
Selain dalam hal sistem pendidikan, pondok pesantren juga sudah banyak mengadopsi kegiatan perekonomian modern. Jika di zaman dulu para santri diajak bercocok tanam, menggarap ladang dan sawah yang dimiliki pondok atau kiai untuk menopang kebutuhan menghidupi santri dan pesantrennya, kini banyak pesantren yang telah menjalankan sistem perekonomian modern. Pesantren sudah banyak yang memiliki unit usaha atau bisnis yang produknya pun beragam, mulai dari produk pertanian hingga produk industri. Beberapa produk dari pesantren bahkan sudah mampu menembus pasar global. Maka, para santri pun kini banyak yang tetep tinggal di pondok bukan lagi untuk mengaji, melainkan sudah bekerja secara profesional di lingkungan pesantrennya.
Sampai seberapa jauh santri dan pesantren akan terus ber-evolusi, menyesuaikan diri dengan dunia yang terus berubah dan berkembang semakin cepat, susah untuk mengukurnya. Namun, jika dilihat jauh ke belakang, bagaimana santri dan pondok pesantren mampu bergulat dengan arus perubahan, rasanya eksistensinya akan terjaga meskipun tetap akan mengalami perubahan di beberapa sisinya.
Misalnya, akan lebih sulit menemukan santri kelana, yang mendatangi banyak pesantren untuk berburu ilmu sekaligus barokah. Mungkin juga akan semakin langka pondok pesantren yang masih salaf, dan benar-benar mempertahankan ke-salaf-annya. Tapi apakah itu akan berarti makin sedikit pesantren yang mampu melahirkan ulama-ulama atau kiai-kiai besar? Wallahualam bishawab.