Saat memberikan jawaban, Gus Dur tidak hanya melakukan glorifikasi terhadap khazanah pengetahuan pesantren, tetapi juga melakukan kritik. Gus Dur menganggap keilmuan pesantren stagnan, tekstualis, hanya bermazhab secara qauli (tekstual), sehingga hanya mengulang dan mengikuti produk pemikiran. Dalam forum itu, Gus Dur mengusulkan pentingnya bermazhab secara manhaji (metodologis), supaya kalangan pesantren lebih dinamis, kreatif, dan inovatif.
Dialog Gus Dur dengan para kiai dalam forum tabayun ini menghasilkan dua buku; pertama buku berjudul Gus Diadili Kiai yang disunting oleh KH Imran Hamzah dan Khairul Anam dengan penerbit Jawa Pos; dan buku berjudul Kiai Menggugat Gus Dur Menjawab yang disunting oleh Munib Hudan Muhamad dan tim RMI dengan. Buku ini diberi prolog oleh KH Husein Muhammad dan epilog ditulis Edi Iyubenu. Buku ini diterbitkan penerbit Diva Pres dan IRCiSoD.
Peristiwa pengadilan Gus Dur merupakan contoh penting dan menarik dari para ulama dan sesepuh NU ketika melakukan tabayun terhadap tindakan dan pemikiran seseorang yang dianggap melakukan pelanggaran atau merusak nama organisasi. Ada catatan menarik yang dapat diambil pelajaran dari peristiwa Gus Dur diadili kiai-kiai ini.
Pertama, tabayun harus menghadirkan kedua belah pihak, yaitu pihak yang menuduh dan tertuduh. Dalam kasus Gus Dur, pihak “penuduh” diwakili oleh beberapa kiai yang tidak sependapat dengan Gus Dur, atau narasi-narasi kontra yang ada di publik yang dibacakan oleh moderator. Sedangkan, pihak “tertuduh” adalah sosok Gus Dur yang hadir secara langsung. Dengan demikian, masing-masing pihak memiliki kesempatan memberikan penjelasan.
Kedua, tabayun harus dilakukan secara adil dan seimbang. Artinya, para pihak; Gus Dur dan yang kontra, diberi kesempatan yang sama untuk bertanya, menjawab, dan memberikan respons. Dalam tabayun yang dilakukan oleh para kiai tersebut terlihat bagaimana para kiai atau publik yang tidak setuju dengan pendapat Gus Dur diberi kesempatan bertanya, mengkonfirmasi, dan mengklarifikasi pernyataan dan tindakan Gus Dur. Selanjutnya, pihak “tertuduh” diberi kesempatan yang sama untuk menjelaskan, mengklarifikasi, dan menolak tuduhan dengan argumentasi dan data-data yang valid dan akurat. Selanjutnya, kedua belah pihak diberi kesempatan beradu argumen untuk mendalami masalah yang diperdebatkan.
Ketiga, tabayun dlakukan secara terbuka, tidak hanya disaksikan oleh orang-orang tertentu yang dianggap memiliki otoritas, baik secara moral maupun struktural formal. Siapa pun boleh hadir, melihat, dan mendengarkan perdebatan yang terjadi antara kedua belah pihak. Para kiai, ulama, intelektual, bahkan para santri dan rakyat jelata dapat mengikuti perdebatan tersebut. Hasil dari perdebatan dicetak menjadi buku dan diedarkan secara luas kepada masyarakat.
Keempat, tabayun harus dilandasi niat luhur dan ikhlas untuk mencari kebenaran dan kebaikan bersama (kemaslahatan umat). Bukan hanya untuk membela pendapat atau kepentingan salah satu pihak. Dengan kata lain, masing-masing pihak harus melepaskan diri dari ego, kepentingan pribadi maupun kelompok, kemudian benar-benar mendasarkan diri pada kepentingan organisasi maupun umat.
Mafhum mukhalafah (pemahaman balik), dari proses tabayun yang telah dicontohkan para kiai sepuh NU di atas adalah, pertama, tabayun tidak dapat dilakukan hanya dengan menghadirkan atau mendengarkan keterangan dari salah satu pihak, kemudian menjadikannya sebagai pijakan dan dasar dalam membuat keputusan terhadap pihak lain. Hal seperti ini jelas bertentangan dengan prinsip-prinsip dasar nilai keadilan. Juga tidak sesuai dengan tujuan dilaksanakan tabayyun