Hal lain yang memukau dari Muhammad Abduh adalah penafsiran Al-Qur’an. Abduh dikenal sebagai pencetus ide “kebebasan rasionalitas” (Al-Aqliyah Al-Mutahrirah) dalam menafsirkan Al-Qur’an, yaitu bahwa kemukjizatan Al-Qur’an itu dalam perjalanan waktunya dapat mengagumkan umat manusia disebabkan mampu membatalkan sesuatu (fakta atau pengetahuan). Selain itu, Abduh menjadikan rasionalitas sebagai tahkim atau penentu dalam berbagai penjelasannya tentang Al-Qur’an. Menariknya, ia menggabungkan metode Islam dengan peradaban Barat. Pun, juga menyatakan bahwa, Al-Qur’an adalah pangkal keselamatan umat Islam.
Tidak ada cara lain untuk menyelesaikan persoalan-persoalan umat Islam kecuali kembali kepada Al-Qur’an. Dengan demikian, kesatuan umat Islam akan terpelihara dan akan tercapai. Kemudian diterangkannya bahwa sebab-sebab yang mengajak kepada ijtihad ialah, bahwa ijtihad adalah hakikat hidup dan keharusan pergaulan manusia. Kehidupan manusia itu berproses dan berkembang. Di situ terdapat kejadian-kejadian yang tidak diketahui oleh orang-orang dahulu.
Ijtihad merupakan alat ilmiah dan pandangan yang diperlukan untuk menghampiri berbagai segi kehidupan yang baru. Abduh telah membuka pintu secara lebar dengan pendapatnya yang membolehkan ijtihad personal atau kebolehan seorang mukmin untuk bersandar pada fatwa pribadi tanpa perlu mengikuti fatwa-fatwa atau bertaqlid.
Baginya, Islam tidak mengenal adanya lembaga al-Sulthoh al-Diniyah (otoritas keagamaan), dan barangkali lembaga kekuasaan ini merupakan unsur luar yang masuk kedalam Islam yang kemudian dibekukan. Hubungan mukmin dengan Tuhan adalah hubungan langsung tanpa perantara. Sedangkan, tugas syeikh Islam, mufti, dan qadhi adalah dalam urusan birokrasi pemerintahan dan tidak memiliki kekuasaan mutlak atas persoalan akidah dan penetapan hukum. Tidak sepatutnya bagi mereka untuk menyalahi ijtihad seseorang, jika Muslim tersebut memahami hukum Allah dan dari kitab-Nya dan sunnah Rasul-Nya.
Menurut Abduh, Al-Qur’an mencakup berbagai perkara sosial (Al-Ijtima’iyyah) dan alam semesta (Al-Alam Al-Kauniyah). Pun, mencakup berbagai wujud permasalahan sains dan historis yang belum diketahui oleh umat manusia di waktu pernyataan ayat Al-Qur’an diturunkan pertama kali kepada Nabi Muhammad.