Jika Clifford Geertz mengatakan bahwa pesantren adalah proses pembelajaran dengan pola ada kiai sebagai guru agama, santri atau siswa yang sesekali belajar perihal mistis, wilayah pesantren terpusat dengan masjid dan berada di tengah pemukiman penduduk, maka pesantren adalah pusat di mana pembelajaran agama dan sosial berlangsung secara bersamaan.
Kita boleh saja beranggapan bahwa dewasa ini pesantren mengalami perubahan nilai, seiring dengan perubahan sosial yang tidak bisa dibendung. Namun, kita perlu berpikir positif bahwa bagaimanapun perubahan itu terjadi, pesantren tidak akan kehilangan jati dirinya.
Yang terpenting adalah semangat pesantren dalam mengawal pembentukan karakter manusia. Karena, sejatinya, manusia adalah objek utama dalam pendidikan. Khususnya pendidikan pesantren. Sehingga, tidak sepatutnya pesantren yang berbasis modern menilai lebih unggul dari pesantren yang nilai tradisionalismenya tinggi.
Gus Dur menegaskan bahwa pesantren sebagai a place where santri (student) live. Dengan kata lain, santri yang tinggal di pesantren tidak hanya terpaku pada pendidikan agama semata, melainkan kultur, budaya, dan konteks sosial yang lainnya.