Tak hanya itu, Ahmad Baso mengurai bahwa ketika Islam dan Nusantara digabung atau dipersilangkan muncullah “Genius Baru” bernama Islam Nusantara. Bibit ini tumbuh sehat dan mampu bertahan dalam situasi cengkeraman lingkungan mana pun, auto-perfective, toleran, dan adaptif terhadap lingkungannya sehingga bisa tumbuh dan besar dengan sehat, tidak cepat aus, rusak atau gagal tumbuh.
Dengan persilangan berbeda tersebut, maka diharapkan muncul varietas atau spesies baru yang memiiliki sifat unggulan gabungan dari kedua spesies induknya, itu yaitu populis, eksotis, kualitas peradaban yang tinggi serta tahan banting terhadap berbagai kondisi dan tantangan alam dan lingkungan. Dan spesies baru itulah Islam Nusantara.
Walhasil, dalam membaca sejarah Wali Songo selama ini kita selalu diombang-ambingkan antara mitos dan fakta. Akibatnya, ketika menyampaikannya kita merasa kurang yakin bahkan tidak percaya diri. Kenyataan ini sangat mengecawakan dan berakibat pada terkikisnya pengetahuan historis-spiritualis masyarakat Islam Nusantara.
Oleh karenanya, Agus Sunyoto dalam buku Atlas Wali Songo mengatakan bahwa eksistensi Wali Songo sebagai kesatuan orang suci tidak bisa dipandang sebelah mata. Kenyataannya telah membuktikan bahwa para wali telah merumuskan strategi dakwah atau strategi kebudayaan secara lebih sistematis, terutama bagaimana menghadapi kebudayaan Jawa dan Nusantara pada umumnya yang sudah sangat tua, kuat, dan mapan.
Ternyata, para wali memiliki metode yang sangat bijak. Mereka memperkenalkan Islam tidak serta merta, tidak dengan cara instan, karena itu mereka merumuskan strategi dengan pembacaan jangka panjang. Kemampuan para wali menggalang kepercayaan umat melalui perjalanan dakwah yang tidak kenal lelah dibarengi apresiasi yang sangat tinggi pada agama lama; Hindu, Budha, Tantrayana, Kapitayan, maupun lainnya.
Kematangan wawasan para wali dalam mengelola budaya membuat ajaran mereka diterima oleh hampir seluruh penduduk Nusantara.