Pada saat demikian, untuk memperoleh sesuap nasi saja terpaksa harus berjualan kayu bakar, membuat arang kayu untuk dijual, dan bekerja di pabrik tahu. Ketika mesantren di Pesantren Sayuran Cikajang Garut, misalnya, ia pernah tidak menemukan makanan selama tujuh hari tujuh malam, dan akhirnya hanya minum air mentah. Namun, keadaan memprihatinkannya itu sama sekali tidak menyurutkan semangatnya dalam mencari ilmu.
Pada tahun 1963, Kiai Saepuddin menikah dengan Hj E Robiah, putri dari pamannya sendiri, H Hasbullah. Dari pernikahan ini, Kiai Saepuddin dikaruniai tujuh anak. Mereka adalah KH Busyrol Kariem Zuhri, Hj Ai Nurlaela Zuhri, KH Acep Salahudin M Zuhri, Hj Enung Nurmala Zahra, Hj Ade Zahratul Fuadah Zuhri, KH lip Miftahul Faoz Zuhri, dan H M Shofiyyudin Zuhri.
Setahun setelah menikah, pada tanggal 18 Agustus 1964, KH Saepudin Zuhri mendirikan pesantren yang bernama Baitul Hikmah. Semula, pesantren ini bernama Pesantren Haur Kuning karena dihubungkan dengan lokasi pondok tersebut yang berada di Puncak Haur.
Namun, ada juga riwayat yang mengatakan bahwa Haurkuning diambil dari bahasa Arab ‘haur” yang berarti bidadari dan “qana’ah”, yaitu sikap sikap rela menerima dan merasa cukup atas segala pemberian Allah.
Selain itu, Kiai Saepuddin juga merupakan sosok yang aktif dalam organisasi Nahdlatul Ulama (NU). Kiai Saepuddin pernah menjadi Musytasyar PCNU Kabupaten Tasikmalaya. Bahkan di dalam wasiatnya, NU menjadi salah satu poin utamanya. Menurut salah seorang putranya, yaitu KH Busyrol Karim, Kiai Saepuddin mewasiatkan enam hal kepada anak cucu dan santri-santrinya.
Pertama, wajib mempertahankan akidah, syariah, akhlak Ahlussunah wal Jama’ah. Kedua, wajib salat berjamaah awal waktu di masjid. Ketiga, ulah eureun ngaji (jangan berhenti ngaji). Keempat, anak incu wajib di pasantrenkeun (anak cucu wajib mengenyam pendidikan pondok pesantren). Kelima, kudu jadi NU (harus jadi NU). Dan, keenam, hate ulah nyantel kana dunya, sing nyantel ka akherat (hati jangan tertaut pada dunia, harus tertaut pada urusan akhirat).
Kepada salah satu santrinya, yakni Husni Mubarok, di akhir hayatnya, Kiai Saepuddin juga berpesan tentang pentingnya selawat kepada NabiMuhammad SAW. Hal itu disampaikannya pada saat pengajian kitab Nashoihud Diniyyah, Jumat 30 Agustus 2013 lewat syair dalam kitab Marqotul Mahabbah dan langsung diikuti oleh para jamaahnya.