Seusai pengajian, Kiai Saepuddin kemudian berjamaah Isya seperti biasanya. Kemudian salat sunat bakdiyah. Namun, ketika bangun dari ruku’ menuju i’tidal, ia jatuh ke belakang tepat di pangkuan seorang santri. Ia sempat akan dibawa salah seorang dewan santri. Tapi ketika keluar masjid menuju rumah, kiai ahli ilmu alat itu telah mengembuskan napas terakhirnya.
Dalam mencetak kader-kader santri yang unggul dalam ilmu alat, pesantren ini menggunakan kitab Al-Jurumiah. Jika di pondok lain kitab ini biasanya menjadi kitab kelas bawah, maka di Haurkunig berbeda. Kitab ini terus menerus diaji di setiap jenjang. Bedanya, semakin kelasnya tinggi, semakin komprehensif juga pembahasannya. Kitab Al-Fiyah baru dikaji ketika santri sudah memasuki tahun ketiga dan keempat.
Metode belajar yang digunakan adalah nalar, yaitu menghafal teks-teks kitab (tahfizhul mutun), baik natsar maupun nazam. Kitab yang dihafalkan meliputi Matan Jurumiyyah, Imrithi, Nadzmil Maqshud, Alfiyyah, Tarshif, Sullam Munauraq, Jauhar Maknun, dan lain-lain.
Bagi sansus (santri khusus: santri yang sudah lulus sekolah formal Aliyah/sederajat), ada lagi tambahan hafalan lainnya: Nazham Baiquniyyah dan Rahbiyyah. Selain itu, ada juga metode tatalaran, yaitu istilah untuk kegiatan mempelajari dasar-dasar ilmu saraf yang dilakukan secara berkelompok. Kelompok-kelompok kecil itu sesekali dibentuk berdasarkan kamar, sesekali berdasarkan kelas. Setiap kelompok dibimbing oleh satu tutor dari kakak kelas yang lebih senior. Materi yang diajarkan dalam kegiatan tatalaran ini adalah menghafal hal-hal mendasar dalam ilmu saraf. Mulai dari nashrif (istilah lainnya: tashrif isthilahi), ngiyas (tashrif lughawi), ngabina’ (mempelajari 7 macam bina’), ngasalkeun (meng-i’lal kalimat-kalimat), ngerab (meng-i’rab matan Jurumiyah), dan kaidah-kaidah dasar sharaf lainnya. Lewat kelompok-kelompok kecil inilah santri Haurkuning diberi dasar yang kuat untuk menjelajahi ilmu-ilmu lain.
Kultur nalar ini begitu melekat (terlebih di kalangan santri putri) hingga dalam keadaan darurat sekalipun. Misalnnya, ketika waktu mengaji tiba-tiba mati lampu, para santri tidak langsung membubarkan diri, melainkan memanfaatkan kegelapan dengan melantunkan bait-bait nazam-nazam
Dari perjalanan hidup KH Saepuddin Zuhri dan dinamika di Pesantren Baitul Hikmah Haurkuning, kita bisa mengambil pelajaran berharga bahwa keberkahan ilmu dan ketajaman memahami kitab gundul tidak pasti ditentukan oleh menterengnya nama besar sebuah lembaga. Lebih dari itu, pemahaman itu lahir dari ketulusan niat, beratnya tirakat, serta keistiqamahan para masyayikh dalam merawat tradisi tafaqquh fiddin.
Pahit getirnya rihlah ilmiah Kiai Saepuddin—mulai dari mencari kayu bakar, menahan lapar berhari-hari, hingga kembara menimba ilmu ke puluhan pesantren atas dawuh para gurunya—telah menjelma menjadi fondasi spiritual yang sangat kokoh.