Aura bersajaha dan kewibawaan KH Mukhlis Sufyan nampak begitu jelas. Sang pengasuh Pondok Pesantren Pembangunan Miftahul Huda ini lahir di Cilacap, pada hari Selasa tanggal 5 April 1942 atau sekarang sudah memasuki usia 81 tahun. Beliau adalah putra ke-6 dari pasangan KH Sufyan Tsauri dan Nyai Hj Siti Maimunah.
Ketika Mukhlis kecil, waktu itu sekitar umur dua tahun, dia harus berpisah dengan orang tuanya. Sebab pada waktu itu di tahun 1948 ayahanda beserta pasukan hisbullah dan para santri juga keluarga ndalem melakukan perjalanan ke suatu tempat, karena pada waktu itu KH Sufyan Tsauri tidak ingin bertemu dengan Belanda dan bala tentaranya yang ingin melakukan negoisasi. Demi keselamatan Mukhlis kecil, akhirnya diasuh oleh Ibu Supinah dan Bapak Bakri, yaitu dua orang kepercayaan ayahandanya KH Sufyan Tsauri.
Sampai pada titik dia harus kehilangan orang tuanya, KH Sufyan Tsauri, yang pada meninggal saat berada di gunung Kendeng, hutan pedalaman yang juga merupakan wilayah persembunyian yang berada di perbatasan Cilacap dan Brebes. Sedangkan ibundanya meninggal pada saat beliau masih sekolah SMP.
Di saat itulah Mukhlis remaja justru tumbuh menjadi sosok yang gigih, penuh semangat dan pantang menyerah. Karena mengingat perjuangan orang tuanya terutama ayahandanya yang sangat luar biasa yang mampu memacu dirinya untuk bisa menjadi orang yang bermanfaat. Dengan itu ia bertekad untuk membesarkan dan mengembangkan cita-cita luhur pondok pesantren.
Jalan pendidikan beliau bermula dari Sekolah Rakyat pada tahun 1952-1957, kemudian melanjutkan pendidikannya di SMP N Cilacap (1958-1962). Setelah menyelesaikan pendidikan umum beliau melanjutkan dirinya menimba ilmu agama ke Pesantren Lirab, Kebumen dari tahun 1963 hingga1966. Kemudian nyantri di Lirboyo dari tahun 1966 sampai 1967. Satu tahun di Lirboyo beliau singgah ke Pondok Pesantren Al-Falah Ploso, Kediri sampai tahun 1971.
Ketekunannya dalam menimba ilmu baik umum maupun agama di berbagai pesantren mampu membawa dirinya kepada apa yang dicita-citakan, yakni membesarkan pondok peninggalan ayahanda dan kakeknya KH Abdul Madjid. Maka tak heran, saat beliau menjadi pengasuh pesantren hingga sampai saat ini, KH Mukhlis Sufyan selalu mengajarkan kepada santrinya untuk selalu memegang teguh disiplin ilmu.