Aura bersajaha dan kewibawaan KH Mukhlis Sufyan nampak begitu jelas. Sang pengasuh Pondok Pesantren Pembangunan Miftahul Huda ini lahir di Cilacap, pada hari Selasa tanggal 5 April 1942 atau sekarang sudah memasuki usia 81 tahun. Beliau adalah putra ke-6 dari pasangan KH Sufyan Tsauri dan Nyai Hj Siti Maimunah.
Ketika Mukhlis kecil, waktu itu sekitar umur dua tahun, dia harus berpisah dengan orang tuanya. Sebab pada waktu itu di tahun 1948 ayahanda beserta pasukan hisbullah dan para santri juga keluarga ndalem melakukan perjalanan ke suatu tempat, karena pada waktu itu KH Sufyan Tsauri tidak ingin bertemu dengan Belanda dan bala tentaranya yang ingin melakukan negoisasi. Demi keselamatan Mukhlis kecil, akhirnya diasuh oleh Ibu Supinah dan Bapak Bakri, yaitu dua orang kepercayaan ayahandanya KH Sufyan Tsauri.
Sampai pada titik dia harus kehilangan orang tuanya, KH Sufyan Tsauri, yang pada meninggal saat berada di gunung Kendeng, hutan pedalaman yang juga merupakan wilayah persembunyian yang berada di perbatasan Cilacap dan Brebes. Sedangkan ibundanya meninggal pada saat beliau masih sekolah SMP.