Di saat itulah Mukhlis remaja justru tumbuh menjadi sosok yang gigih, penuh semangat dan pantang menyerah. Karena mengingat perjuangan orang tuanya terutama ayahandanya yang sangat luar biasa yang mampu memacu dirinya untuk bisa menjadi orang yang bermanfaat. Dengan itu ia bertekad untuk membesarkan dan mengembangkan cita-cita luhur pondok pesantren.
Jalan pendidikan beliau bermula dari Sekolah Rakyat pada tahun 1952-1957, kemudian melanjutkan pendidikannya di SMP N Cilacap (1958-1962). Setelah menyelesaikan pendidikan umum beliau melanjutkan dirinya menimba ilmu agama ke Pesantren Lirab, Kebumen dari tahun 1963 hingga1966. Kemudian nyantri di Lirboyo dari tahun 1966 sampai 1967. Satu tahun di Lirboyo beliau singgah ke Pondok Pesantren Al-Falah Ploso, Kediri sampai tahun 1971.
Ketekunannya dalam menimba ilmu baik umum maupun agama di berbagai pesantren mampu membawa dirinya kepada apa yang dicita-citakan, yakni membesarkan pondok peninggalan ayahanda dan kakeknya KH Abdul Madjid. Maka tak heran, saat beliau menjadi pengasuh pesantren hingga sampai saat ini, KH Mukhlis Sufyan selalu mengajarkan kepada santrinya untuk selalu memegang teguh disiplin ilmu.