KH Zainal Abdin merupakan salah satu dari sekian banyak ulama yang memiliki karya tulis. Sejak kecil ia memiliki hobi membaca dan menulis, dua perkara yang sering diibaratkan seperti dua keping mata uang logam yang saling berkaitan.
Semasa hidupnya, KH Zainal Abdin tidak pernah mondok selain di Pondok Pesantren Krapyak Yogyakarta. Ia hanya mengaji kepada KH Ali Maksum yang menjadi kakak iparnya. Selama proses mengaji itu ia merasa terayomi. Sebab, ilmu apa saja didapatkannya dari sang kakak iparnya ini. Begitu juga dengan KH Ali Maksum, sebagai kakak ipar merasa memiliki tanggung jawab yang besar dalam mendidik adik-adik iparnya, agar kelak bisa melanjutkan estafet perjuangan mengasuh Pondok Pesantren Krapyak.
KH Zainal Abidin lebih berkosentrasi pada keilmuan fikih, tasawuf, dan akidah. Ia terkenal sangat istikamah dalam segala hal, ditambah lagi selalu bersungguh-sungguh dalam bertirakat. Hal inilah yang menyebabkan ia menjadi seorang yang alim, sehingga mendapatkan kepercayaan oleh KH Ali Maksum untuk membantu mengajar di pesantren.
Aktivitas kesehariannya tidak terlepas dari membaca dan menulis. Ia sangat hobi membaca kitab kuning. Siang malam kitab-kitab tebal selalu berada di sekitarnya. Kitab yang paling digemarinya adalah kitab-kitab tentang fikih Imam Syafi’i. Karena rutinitasnya seperti ini, KH Zainal Abidin dijuluki Kiai Ampeg oleh KH Ali Maksum.
Selain membaca, ia juga hobi menulis. Kegiatannya tidak pernah absen dari sebuah catatan. Misalnya, apa yang menurutnya penting maka akan dicatat. Apa yang membuatnya gelisah maka akan dicatat. Hal-hal penting yang akan disampaikan di pengajian akan dicatat terlebih dahulu, dan apa yang disampaikan orang lain kepadanya juga dicatat.
Karena hobi menulis, KH Zainal Abidin memilki banyak karya. Salah satunya adalah Kitabus Siyam. Kitab yang di dalamnya membahas segala hal yang berkaitan dengan puasa Ramadhan dan bulan Ramadhan itu sendiri. Ditambah lagi berbagai hal yang berkaitan dengan amalan ibadah di bulan yang suci ini.
Kitab ini memuat 22 bab. Bab pertama menjelaskan tentang fadhilah bulan Ramadhan. Bab kedua tentang fadhilah puasa Ramadhan, sampai ditutup dengan penjelasan mengenai bab tarawih dan zakat fitrah.
KH Zainal Abidin juga dikenal alim dalam bidang ilmu fikih. Namun, tidak menutup kemungkinan ia juga menguasai kajian tasawuf. Salah satu buktinya, di dalam kitab Kitabus Siyam ini, ia memasukan bab tentang rahasia berpuasa dan syarat-syarat batin (hati) ketika sedang menjalankan puasa.
Seperti bagaimana ketika berpuasa hendaknya selalu menjaga lisan dari berbohong, ghibah, dan lain sebagainya. Pada hakikatnya hal ini tidak sampai membatalkan puasa, namun bisa mengurangi pahala berpuasa di bulan Ramadhan.
Kitab ini ditulis dengan menggunakan bahasa Arab yang berdasarkan kaidah nahu dan sarafnya. Di dalamnya juga diberikan hujjah hukum dari Al-Qur’an, Hadis, dan pendapat para ulama.
Kitab Kitabus Siyam menjadi kitab wajib yang digunakan para santri Krapyak untuk mengaji setiap bulan Ramadhan. Ketika masih hidup, KH Zainal Abidin mengajarkan kepada para santri setiap selesai salat subuh di Masjid Al-Munawwir.