Ketupat oleh Sunan Kalijaga dijadikan media dakwah. Bungkusnya terbuat dari janur kuning mengandung pesan sebagai tolak bala. Bentuknya yang segi empat melambangkan nafsu duniawi yang harus dikendalikan, yaitu nafsu amarah, nafsu hewani (makan dan birahi), nafsu memiliki, dan nafsu memaksakan diri. Keempat nafsu ini telah ditaklukkan saat menjalankan ibadah puasa di bulan Ramadan.
Dalam hal ketupat, anyamanya menggambarkan silang sengkarut dan kesalahan yang mungkin terjadi dalam hidup bermasyarakat. Sedangkan, warna putih pada beras melambangkan kesucian karena saling memaafkan dan kemakmuran.
Dalam perayaan Kupatan ini, Pengasuh Pondok Pesantren Tri Bhakti At Taqwa, KH Kholiq Amrulloh Adnan, menjelaskan bahwa Kupatan bukan sekadar makan-makan dan kumpul-kumpul. Di dalam tradisi ini terkandung nilai-nilai ubudiyah hablum minallah (beribadah kepada Allah) sekaligus hablum minan naas (silaturahmi).