Terlepas dari perdebatan tersebut dapat diketahui secara pasti bahwa tafsir ayat aḥkam karya Mbah Fadhol adalah tafsir aḥkam pertama dari dunia pesantren. Dalam hal ini dapat ditilik bahwa Mbah Fadhol telah berkontribusi pada perkembangan tafsir (kesarjanaan) Indonesia.
Lintasan yang diambil Mbah Fadholini termasuk pada historisitas yang memfokuskan pada konteks internal (Nusantara). Hal ini dapat dilihat pada latar belakang Mbah Fadhol saat menulis karya-karyanya, termasuk tafsir aḥkam, yaitu untuk diajarkan kepada santrinya. Sudah menjadi tradisi Mbah Fadhol mengajar santrinya dengan kitab karyanya sendiri.
Mbah Fadhol di kalangan pesantren terkenal sebagai seorang yang fāqih serta penulis tentang ilmu bahasa dan teologi. Selain mengajarkankan tafsir di pesantren, Mbah Fadhol juga mengajarkan terjemahan Al-Qur`an.
Pembelajaran terjemahan Al-Qur`an dilakukan ketika tafsir masih menjadi pendidikan sekunder di lingkungan pesantren. Penulisan dalam terjemahan tersebut dilakukan menggunakan huruf pegon dengan metode tafsiriyah. Berdasarkan kacamata teologis, terjemahan tersebut mengapropriasi Sunni Ashariyah.
Tafsir karya Mbah Fadholhadir ditulis dengan kemasan yang mudah untuk diserap. Tafsir tersebut mengusung bab fikih dengan metode mawdū`i. Tafsir tersebut telah mencakup 20 bab walaupun sebenarnya karya tersebut belum tuntas. Tafsir tersebut disebut Fatikhatus Sakinah sebagai tafsir kontemporer yang mampu dijadikan patokan dalam beribadah. Sumber yang dirujuk dalam karya tafsir tersebut yaitu kitab tafsir sebanyak enam, fikih berjumlah tiga, dan asbāb al-nuzūl terdiri dua kitab.
Polemik Tafsir Mbah Fadhol
Menelisik tema yang memicu polemik antara muslim tradisionalis dan modernis, yaitu tentang arah kiblat. Menurut Kiai Ahmad Dahlan, setiap muslim yang salat harus menghadap kiblat sebenar-benarnya. Ia mengkritik arah kiblat di Indonesia yang hanya berdasarkan arah Barat. Pendapat Kiai Ahmad Dahlan ini diikuti oleh kelompok Muhammadiyah. Kiai Ahmad Dahlan pernah meluruskan arah kiblat Masjid Agung Yogyakarta pada 1897.