Data yang ada menunjukkan, museum ini pertama kali didirikan oleh Paus Julius II pada awal abad ke-16 untuk menyimpan patung koleksi sang Paus.
Secara umum museum ini terdiri dari tiga bagian. Pertama, bagian museum. Bagian ini terdiri dari berbagai ruang galeri tempat memajang berbagai koleksi benda seni. Bagian ini dirancang oleh Bramante. Kedua, bagian sayap baru atau Brasico Nouva. Dan, ketiga, galeri prasasti (Lapidaria). Bagian ini merupakan tempat menyimpan koleksi epigraf kuno.
Beberapa titik menarik yang ada di Museum Vatikan, di antaranya Galleria delle Carte Geografiche, sering disebut Maps Hall. Di sini tersimpan 40 peta geografis Italia yang diciptakan antara tahun 1580 hingga 1583. Dalam peta itu tergambar kapal-kapal, deretan pegunungan, serta dewa laut Neptunus. Galeri ini memiliki desain atap yang mengagumkan dengan lukisan yang indah.
Lokasi lainnya yang layak dilihat adalah Raphael Room, yang terdiri dari empat kamar. Di kamar ini penuh dengan lukisan indah karya Raphael. Sebelum menjadi area wisata, tempat ini direncanakan untuk perpustakaan pribadi Paus. Salah satu lukisan menarik yang ada di kamar ini adalah School of Athens. Ide dari penciptaan lukisan ini adalah filsuf Plato dan Aristoteles. Lukisan di kamar ini tidak saja memiliki nilai seni tinggi, tetapi juga sarat dengan kandungan filosofi, teologi, sastra, dan ilmu hukum.
Di ruangan lain ada galeri Apollo del Belvere.Di ruangan ini terpajang patung-patung antik para dewa mitologi Yunani, termasuk dewa Apollo yang pembuatannya diperkirakan pada abad pertama sebelum Masehi, meskipun patung tersebut baru ditemukan abad ke-15 Masehi. Penggagas pemindahan patung dewa Apollo ke Belveder Courtyard Museum Vatikan adalah Paus Julius II. Ruangan ini merupakan tempat menarik untuk berfoto, sehingga bayak pengunjung berfoto di sini.
Ujung perjalanan menjelajahi museum adalah Kepel Sistine. Di sini tempat para kardinal bersidang untuk memilih seorang Paus yang akan menggantikan Paus sebelumnya. Saat bersidang mereka tidak boleh keluar dari ruangan Kepel Sistina. Mereka dikunci agar tidak keluar dari Kepel. Selain untuk menjaga kerahasian dalam proses pemilihan, hal ini juga dimaksudkan agar para kardinal dapat benar-benar berkonsentrasi dan bermeditasi secara khusyuk supaya dapat menjaga kebersihan hati. Dengan demikian mereka dapat menentukan pilihan hanya berdasarkan suara hati nurani dan bimbingan iman.
Saat mau memasuki Kepel Sistina kami dikumpulkan untuk menerima penjelasan dari pemandu mengenai aturan ketika masuk dan berada dalam kepel. Di antara aturan yang harus ditaati, para pengunjung dilarang berbicara dan memotret apapun yang ada di dalam kepel. Ini berbeda dengan ruangan lain yang bebas mengambil foto dan berbicara.
Waktu memasuki Kepel Sistina, suasana hening dan senyap. Tak ada suara meski ada ratusan orang dalam ruangan tersebut. Yang terlihat hanya orang-orang menatap ke atas, menyaksikan keindahan lukisan yang ada di plafon dan dinding atas. Lukisan yang ada dalam kepel ini adalah karya maestro Michael Anggelo. Di antara lukisan yang menarik perhatian pengunjung adalah The Last Judgement dan Creation of Adam.
Selain karya para pelukis klasik, ada juga karya pelukis modern abad ke-19 dan ke-20 yang dikoleksi di Museum Vatikan, diantaranya karya Renoir, Seurat, Van Gogh,Rouault, Matise, dan Picasso.
Museum Vatikan tak hanya menyajikan keindahan seni yang menakjubkan, tetapi juga menjadi sumber pengetahuan, spiritualitas, dan referensi untuk membangun peradaban. Inilah yang menyebabkan museum ini menjadi destinasi wisata yang menarik masyarakat dunia. Pada tahun 2023 ada 6.764.850 wisatawan yang datang mengunjungi Museum Vatikan. Bandingkan dengan Museum Nasional yang hanya dikunjungi 272.252 orang pada tahun 2022.