Sebelum memahami lebih jauh tentang formasi sains ala Nasr, ada baiknya mengetahui bahwa kehadiran formasi sains ala Nasr tidak hendak meng-islam-kan sains dan ilmu pengetahuan. Ia merupakan sebuah penegasan Nasr terhadap gelombang ilmu pengetahuan untuk mengungkap sifat kasih sayang Tuhan kepada makhluknya. Sebab dalam hal ini, Nasr seringkali membuat perbandingan antara agama Hindu, Budha, Kristen, demikian pula agama Tao.
Dalam melacak formasi sains ala Nasr, Mahmudi menggunakan tiga kerangka kolaboratif yang diyakini dapat menuju wawasan formasi sains Nasr, yakni kerangka ontologis, epistemologis, dan aksiologis. (hlm:49)
Dalam kerangka ontologis, Nasr menolak paham yang menganggap realitas hanya terbatas pada materi saja. Pada hakikatnya, realitas itu berlapis dan mengacu pada realitas perennial, yaitu kebenaran abadi. (hlm:51) Alam merupakan bentuk manifestasi dari sang Ilahi. Alam tidak berdiri dengan sendirinya, namun tetap bergantung pada yang menciptakannya. Sementara, ide Descartes adalah realitas empiris yang ilusi dan tidak nyata.
Secara ontologis, gagasan Nasr berbeda dengan gagasan modern. Jika rasio dalam kacamata paradigma modern dianggap sebagai kebenaran tunggal, maka Nasr menganggap rasio hanya sebagai salah satu alat mencapai kebenaran. Ibaratnya, buku adalah kebenaran yang absolut, semnetara teks-teks di dalamnya berarti alat menuju pemahaman yang absolut. Semuanya berada dalam dekapan sang buku.
Dalam kerangka epistemologis, formasi sains Nasr merupakan sebuah iluminasi dari Intelek kepada rasio manusia. Akal merupakan buah refleksi yang pengetahuannya bersumber dari Intelek. Intelek merupakan dasar akal. Jika akal sehat dan normal, dengan sendirinya akan sampai pada Intelek.
Wadah intelek yang mampu memancarkan pengetahuan yang bersumber dari Yang Suci adalah hati. Hanya dengan hati yang suci, ketersambungan pada roh yang kudus bisa berelasi, sehingga sebagian pengetahuan yang qadim dapat diterima oleh hati. (hlm:60) Pada akhirnya, seseorang dengan rasionalitasnya akan mengantarkan pada kebenaran yang abadi, yakni kebenaran ilahi.