Hal yang paling krusial dalam peraturan-peraturan tentang pesantren tentu saja yang berkaitan dengan pendidikan. Pendidikan Pesantren diartikan sebagai pendidikan yang diselenggarakan oleh pesantren dan berada di lingkungan Pesantren dengan mengembangkan kurikulum sesuai dengan kekhasan pesantren dengan berbasis kitab kuning atau dirasah islamiah dengan pola pendidikan muallimin.
Afirmasi ini sangat tegas, bahwa pendidikan di pesantren harus berbasis kitab kuning. Tanpa ini maka tidak bisa dimasukkan ke dalam kelompok pendidikan pesantren. Hanya, dalam beleid ini diberi norma tambahan, yaitu penyelenggaraan pendidikannya harus terstruktur, sistematis, dan terorganisasi —norma baru yang juga tergolong baru bagi kalangan pesantren.
Tentang pendidikan pesantren ini diatur khusus melalui PMA Nomor 31 Tahun 2020. Di PMA ini ditegaskan bahwa penyelenggaraan pendidikan pesantren sebagai bagian dari pendidikan nasional, dan dapat diselenggarakan dalam bentuk pengkajian kitab kuning, dirasah islamiah dengan pola pendidikan muallimin, dan bentuk lain yang terintegrasi dengan pendidikan umum. Dan jalurnya pun bisa melalui pendidikan formal maupun pendidikan nonformal.
Untuk jalur pendidikn formal, jenjang pendidikan di pesantren bisa dimulai dari tingkat dasar, menengah, dan tinggi. Bentuknya bisa merupakan satuan pendidikan muadalah, satuan pendidikan diniyah formal, ma’had aly. Sementara, untuk jalur pendidikan nonformal, bisa diselenggarakan dalam bentuk pengkajian kitab kuning dan bentuk lain yang terintegrasi dengan pendidikan umum.
PMA ini juga mengatur tentang kurikulum pendidikan pesantren. Kurikulum pendidikan muadalah terdiri atas kurikulum pesantren dan kurikulum pendidikan umum. Untuk yang kurikulum pendidikan umum, syaratnya minimal harus meliputi pendidikan Pancasila dan kewarganegaraan, bahasa Indonesia, matematika, dan ilmu pengetahuan alam atau ilmu pengetahuan sosial. Bentuknya bisa berupa mata pelajaran tersendiri atau atau kajian yang terintegrasi dengan kurikulum pesantren.
Sebenarnya ini juga afirmasi, sebab sudah banyak pesantren modern yang menyelenggarakan model pendidikan seperti ini. Hanya, dengan adanya UU Pesantren dan semua peraturan turunannya, pendidikan pesantren memperoleh jaminan kesetaraan. Misalnya, santri yang dinyatakan lulus berhak melanjutkan kejenjang pendidikan yang lebih tinggi baik yang sejenis maupun tidak sejenis dan mendapatkan kesempatan kerja.
Yang tergolong norma baru dalam PMA ini adalah adanya penjaminan mutu pendidikan pesantren dan pendanaan. Secara periodek, penyelenggaraan pendidikan di pesantren akan selalu dimonitor dan dievaluasi agar mutunya tetap standar dengan yang lain untuk kepentingan penyetaraan. Tentu, standarnya akan menggunakan standar pendidikan nasional.
Sementara soal pendanaan, penyelenggaraan pendidikan pesantren akan memperoleh pendanaan dari negara, baik dari Anggaran Pendapatan dan Belanja Negara (APBN) maupun Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah (APBD). Atau juga sumber lain yang sah dan tidak mengikat.
Sebagai hal baru, kalangan pesantren harus sangat hati-hati menyikapi pendanaan dari APBN/APBD ini. Sebab, kalangan pesantren belum terbiasa mengelola dana dari APBN/APBD, yang sistem administrasi dan peruntukannya sangat rigid. Tanpa bermaksud mengkorupsi pun, jika terdapat kesalahan administrasi atau peruntukan bisa berujung pada perkara korupsi sebab ini menyangkut uang negara.
Akan menjadi ironi jika banyak kalangan pesantren terjerat kasus korupsi hanya karena masalah administrasi dan peruntukan dalam pengelolaan dana dari APBN/APBD.
