Berdasarkan hasil riset Pelletier ini, diketahui, dari enam provinsi di Pulau Jawa, Jawa Barat memiliki jumlah kelompok Islam militan terbesar dan paling melakukan mobilisasi massa. Beberapa daerah di sekitar Jawa Barat mengalami pertumbuhan kelompok Islam fundamentalis lebih cepat dan mobilisasi yang lebih ajek.
Menurut Pelletier, angka mobilisasi yang diwarnai aksi kekerasan di Jawa Barat mendekati 60 persen dari total kejadian di Pulau Jawa sejak 1998. Bandingkan, misalnya, dengan di Jawa Timur dengan aksi mobilisasi yang hanya 10 persen.
Kesimpulan Pelletier berdasar hasil penelitiannya ini menolak teori beberapa pengamat yang menyebut munculnya kelompok militan seperti FPI karena dikanalisasi oleh proses desentralisasi dan patronase politik pada periode Reformasi. Faktanya, teori itu tidak bisa menjelaskan sepenuhnya mengapa kelompok-kelompok seperti ini cenderung lebih berkembang di Jawa Barat, padahal insentif politik, jika itu dikarenakan oleh proses desentralisasi dan patronase politik, dapat dibilang sama di seluruh Indonesia.
Pelletier juga meragukan teori lain yang menyebut suburnya kelompok militan di Jawa Barat ini berhubungan dengan jaringan Darul Islam, gerakan garis keras yang berusaha mengubah Indonesia menjadi negara Islam antara tahun 1942 dan 1962. Pelletier hanya menemukan sedikit korelasi ketika hasil menunjukkan bahwa sebagian besar pemimpin kelompok militan seperti FPI, terutama ketika di tingkat kabupaten dan kecamatan, adalah kiai atau ustadz yang mengelola pesantren, pengajian, atau majelis taklim kecil.
Pengaruh Pesantren
Pelletier melakukan puluhan wawancara dengan berbagai kiai dan kelompok militan selama riset, dan menggunakan kumpulan data terbaru terkait 15.000 pesantren dan 30.000 kiai di Jawa. Dari data yang terkumpul, Pelletier melakukan komparasi perspektif tentang institusi Islam di Jawa yang belum ada sebelumnya.