Sebagai lembaga pusat ilmu keislaman, tentu beragam ilmu keagamaan menjadi bahan kajiannya. Salah satu ilmu paling fundamental yang wajib dimiliki oleh santri adalah akhlak. Alih-alih mengajarkan berbagai disiplin ilmu keislaman, justru akhlak-lah menjadi prioritas utama pesantren. Setinggi dan sehebat apapun ilmu yang dimiliki seorang santri namun tanpa dibarengi dengan akhlak mulia, maka hal tersebut hanyalah sebuah kesia-siaan.
Dengan berbekal ilmu dan akhlak itulah, seorang santri akan memiliki sikap serta perilaku yang baik; saling tolong menolong antar sesama, tidak mudah meremehkan orang lain, memiliki sikap kasih sayang, berperilaku toleran, tidak memiliki sikap serakah, mampu menahan keinginan hawa nafsu, tidak memiliki sifat kejam apalagi sampai membunuh, dan lain sebagainya. Betapa luhur dan mulianya nilai-nilai yang diajarkan di pesantren.
Oleh karena itu, dalam upaya mengembalikan citra negatif pesantren di masyarakat maka hal yang perlu dilakukan menurut saya adalah; melakukan pengawasan secara ketat dan intens terhadap tindak tanduk santri oleh seluruh pihak pesantren. Bukan sekadar pihak yang berwajib seperti keamanan, ustaz, dan ketua kamar, melainkan seluruh santri harus saling bekerjasama dalam melakukan pengawasan demi mencegah lahirnya perilaku-perilaku negatif yang dapat mengakibatkan tercorengnya citra pesantren. Selain juga pesantren harus melakukan kerjasama dengan pihak masyarakat yang ada di sekitar lingkungan pesantren.