Tidak banyak yang mengenal nama Syeikh Baqir Al-Jogjawi. Justru, yang banyak terekam dalam ingatan masyarakat adalah Syeikh Subakir, yang merupakan seorang anggota Walisongo generasi pertama bersama Maulana Malik Ibrahim atau Sunan Gersik.
Syeikh Subakir dikenal sebagai seorang waliyullah yang memasang tumbal di tanah Jawa. Pasalnya sebelum Islam masuk ke tanah Jawa, banyak makhluk halus dan bangsa dedemit (jin) yang menghuni tempat-tempat angker. Oleh sebab itu, Syeikh Subakir memasang tumbal yang tujuannya untuk mengusir bangsa jin dari tanah Jawa.
Beberapa sumber mengatakan, sebelum Syeikh Subakir datang ke Jawa, bayak ulama yang dikirim dari Mekkah untuk menaklukan tanah Jawa. Namun, tidak ada satupun yang kembali dengan selamat, kecuali Syaikh Subakir. Syeikh Subakir sendiri hidup sekitar abad ke-15 M, sementara Syeikh Baqir Al-Jogjawi lahir sekiar abad ke-19-20 M. Ia hidup di Yogyakarta yang kemudian menetap di Haramain, Mekkah.
Tidak banyak sumber data mengenai biografi Syeikh Baqir Al-Jogjawi ini, meskipun disebut meninggal sekitar tahun 1944 M. Sumber data yang sedikit ini disebabkan karena tidak banyak dari muridnya yang menulis manaqib tentang perjalanan hidupnya secara lengkap. Yang ada mungkin hanya biografi singkat.
Selain itu, karya tulis Syeikh Baqir Al-Jogjawi tidak tersebar secara luas sebagaimana karya-karya Syeikh Nawawi Al-Bantani, Syeikh Ahmad Khatib Al-Minangkabawi, dan Syeikk Mahfuz At-Tarmasi. Bila karya tulis Syeikh Baqir Al-Jogjawi ini tersebar luas di Nusantara, tentunya akan dikenal oleh banyak orang.
Syeikh Baqir lahir di Yogyakarta pada 1888 M dari pasangan KH Muhammad Nur dengan Nayi Lurah Nur. Nama lengkapnya Muhammad Baqir. Perlu kita ketahui bahwa tahun kelahiran Syeikh Baqir bertepatan dengan peristiwa Pemberontakkan Petani Banten terhadap Belanda. Pemberontakan ini mengakibatkan tentara Belanda banyak yang tewas, dan menyebabkan Belanda mengutus Snock Hurgoronje untuk menyelidiki kekuatan apa di balik pemerontakan Petani Banten ini. Sebab, sebelumnya mereka sudah terauma dengan Perang Diponegoro (Perang Jawa). Setelah diselidiki, usut punya usut, ternyata kekuatan utama mereka berasal dari ulama, baik yang ada di Nusantara maupun di Haramain.