Syeih Baqir dinilai lebih menonjol bila dibandungkan dengan teman-teman sebayanya. Hal ini dibuktikan ketika KH Ahmad Dahlan mengadakan musyawarah atau bahtsul masail tentang perbaikan arah kiblat masjid yang oleh KH Ahmad Dahlan yang tidak sesuai dengan ilmu falak yang ia pelajari dari gurunya, yaitu Syaikh Ahmad Khatib Al-Minangkabawi dan Syaikh Dahlan At-Termasi. Melihat kepintaran dari Syeikh Baqir yang waktu itu masih berusia 11 tahun menjadikan KH Ahmad Dahlan takjub dengan keponakkannya tersebut.
Setelah menginjak usia dewasa, Syeikh Baqir menutuskan untuk ibadah haji yang kedua kali sekaligus menimba ilmu di sana. Setelah bulan haji usai, Syeikh Baqir berkelana mencari guru yang dapat membimbingnya dalam ilmu spiritual dan ilmu agama. Akhirnya, Syeih Baqir berjumpa dengan Wali Zambil yang nantinya akan menjadi gurunya.
Wali Zambil merupakan seorang ulama besar pada zamanya, dan dikenal sebagai seorang waliyullah dan seorang mufti di Haramain yang keilmuan dan kealimanya tidak perlu diragukan lagi. Selain berguru pada Wali Zambil, Syeikh Baqir juga menimba ilmu dengan Syeikh Mahfudz At-Termasi dan Syaikh Ahmad Khatib Al-Minabgkabawi. Dari Syaih Mahfudz At-Termasi inilah Syeikh Baqir mendapatkan sanad hadis Sahih Bukhari.
Sebab kepakarannya dalam bidang hadis ini menjadikannya disegani oleh ulama Haramain dan banyak orang Indonesia yang menimba ilmu kepadanya. Salah satunya yang terkenal adalah Syeikh Yasin bin Isa Al-Fadani (Musnid Ad Dunya). Syaikh Yasin banyak menimba ilmu hadis pada Syeih Baqir. Bahkan, Syaikh Yasin juga menulis kitab sanad-sanad hadis Syeih Baqir.
ilustrasi: manuskrip karya syeikh baqir al-jogjawi.