Karena itu, karekteristik ilmu agama dan ilmu umum tidak selau harus dilihat dalam konteks yang berseberangan, tetapi juga perlu dipikirkan bagaimana keduanya bersinergi dalam membantu kehidupan manusia yang lebih layak. Osman Bakar mengatakan bahwa epistemologi, metafisika, teologi, dan psikologi memiliki peran penting dalam mengembangkan intelektual untuk merumuskan berbagai hubungan konseptual ilmu agama dan ilmu umum.
Ilmu umum yang dipahami dalam arti pendek sebagai pengetahuan objektif, tersusun, dan teratur. Ilmu pengetahuan tidak dapat dipisahkan dari Islam. Al-Quran sebagai dasar sumber rujukan bagi ilmu agama dan segala pengembangan ilmu umum. Ia merupakan sumber utama inspirasi pandangan orang Islam tentang keterpaduan ilmu umum dan ilmu agama.
Manusia memperoleh pengetahuan dari berbagai sumber dan melalui banyak cara dan jalan, tetapi semua pengetahuan pada akhirnya berasal dari Tuhan. Dalam pandangan al-Quran, pengetahuan tentang benda-benda menjadi mungkin karena Tuhan memberikan fasilitas yang dibutuhkan untuk mengetahui. Para ahli filsafat dan ilmuwan muslim berkeyakinan bahwa dalam tindakan berpikir dan mengetahui, akal manusia mendapatkan pencerahan dari Tuhan sehingga terciptalah berbagai ilmu pengetahuan.
Al-Quran bukanlah kitab ilmu pengetahuan, tetapi ia memberikan pengetahuan tentang prinsip-prinsip ilmu pengetahuan yang selalu dihubungkan dengan pengetahuan metafisik dan spiritual. Panggilan al-Quran untuk “membaca dengan nama Tuhanmu” telah dipahami dengan pengertian bahwa pencarian pengetahuan, termasuk di dalamnya pengetahuan ilmiah, didasarkan pada pengetahuan tentang realitas Tuhan. Hal ini dipertegas oleh Ibn Sina yang menyatakan bahwa ilmu pengetahuan disebut ilmu pengetahuan yang sejati jika menghubungkan pengetahuan tentang dunia dengan pengetahuan prinsip Tuhan.
Ilmu agama dan ilmu umum memang berbeda dalam penggunaan metode, karena masing-masing berbeda fungsinya. Dalam ilmu umum, kita berusaha menemukan makna pengalaman secara lahiriyah. Sedangkan, dalam ilmu agama lebih menekankan pengalaman yang bersifat ruhaniah sehingga menumbuhkan kesadaran dan pengertian keagamaan yang mendalam. Dalam beberapa hal, ini mungkin dapat dideskripsikan oleh ilmu pengetahuan kita, tetapi tidak dapat diukur dan dinyatakan dengan rumus-rumus ilmu pasti.
Sekalipun demikian, ada satu hal yang sudah jelas, bahwa kehidupan jasmani dan rohani tetap dikuasai oleh satu tata aturan hukum yang universal. Ini berarti, baik ilmu agama maupun ilmu umum memang bersumber dari Allah. Keduanya saling melengkapi dan membantu manusia dalam bidangnya masing-masing dengan caranya sendiri.
Tradisi Keilmuan Pesantren
Melalui tradisi ngaji, seseungguhnya pesantren bisa menjadi garda terdepan dalam mengembalikan kejayaan Islam melalui pencarian ilmu pengetahuan seperti dulu. Dunia pesantren ini memiliki kecakapan atas pendidikan yang mana sebagai proses memanusiakan manusia. Tradisi pendidikan di pesantren memiliki peranan penting dalam mencetak insan kamil yang unggul dari berbagai aspeknya, yang meliputi aspek kognitif, afektif, maupun psikomotorik.
Dengan itu diharapkan pesantren mampu melahirkan out put dan out come insane bertakwa, cerdas, pandai, terampil, sehat jasmani dan rohani, berwawasan luas serta memiliki kepribadian dan berbudi luhur.
Pesantren dalam menggagas penyebaran ilmu pengetahuan ini haruslah mampu mengintegrasikan ilmu umum dan juga ilmu agama, bila kita sadari pemisahan kedua ilmu tersebut awalnya hanya sekadar spesifikasi, agar terjadi penggalian ilmu secara mendalam yang profesional dan mampu mengaktualisasikan untuk kemajuan peradaban. Hanya, belakangan telah terjadi stigma (anggapan) yang sangat jauh, sehingga timbul kesan ilmu agama hanya mengarah pada pembentukan spiritual saja dan tidak menganggap menyentuh pergaulan sosial sehingga menjadi pemicu kemunduran peradaban Islam.
Tradisi ilmu pengetahuan Islam ini perlu diperluas dengan tidak terlena atas klaim negatif ilmu umum yang dianggap menjauhkan atas Islam. Sebab, ilmu pengetahuan tanpa agama buta, dan agama tanpa ilmu pengetahuan menjadi pincang.
Semua cabang ilmu pengetahuan bisa menyatu dengan Islam karena Islam sangat lengkap. Semua ada dalam al-Qran. Hanya Islamlah agama yang paling lengkap dan universal. Tidak ada agama lain seperti agama Islam. Islam mengatur persoalan ilmu pengetahuan, ekonomi, dan berbagai persoalan lainnya.