Dari tempat itulah perjalanan dakwah Romo Yai dimulai. Beliau juga mengolah lahan pertanian, menanam berbagai pohon buah, serta membuat kolam ikan yang membantu menopang kebutuhan sehari-hari. Apa yang dikerjakan saat itu bukan sekadar membangun tempat tinggal, melainkan meletakkan fondasi bagi sebuah pusat pendidikan Islam yang kelak dikenal luas.
Surau Kecil untuk Pencari Ilmu
Di tengah aktivitasnya, Syekh Mohammad Noer mendirikan sebuah surau kecil. Awalnya, surau itu digunakan untuk salat berjemaah dan mengajarkan dasar-dasar agama kepada anak-anak di sekitar kampung. Jumlah santri yang datang belajar terus bertambah. Dari hari ke hari, surau kecil itu semakin ramai. Banyak orang tua yang mempercayakan pendidikan agama anak-anak mereka kepada Romo Yai.
Melihat perkembangan tersebut, surau itu kemudian luas menjadi masjid. Pondok-pondok sederhana juga mulai dibangun untuk menampung santri yang datang dari luar daerah. Perlahan tapi pasti, nama Pesantren Nahdlatul Arifin mulai dikenal. Santri yang berdatangan tidak hanya dari Jember, tetapi juga dari Banyuwangi, Bondowoso, bahkan dari berbagai daerah di Jawa Tengah dan Sumatera.
Dakwah untuk Perjuangan
Pesantren ini lahir pada masa penjajahan Belanda. Meski tidak terjun langsung ke medan perang, Syekh Mohammad Noer memilih jalan dakwah sebagai bentuk perjuangannya. Beliau meyakini bahwa menjaga akidah, mengajarkan ilmu agama, dan membina masyarakat merupakan bagian penting dari jihad fi sabilillah.