Mereka sangat berharap, dengan adanya Pondok Pesantren Modern yang berbasis Al-Qur’an, akan mengembalikan kejayaan umat Islam sebagai pusat peradaban yang melahirkan banyak ilmuan dan saintis muslim, sebagaimana telah terjadi pada masa Dinasti Abbasiyah dahulu.
Meski mengusung program wajib menghafalkan Al-Qur’an, MTA al-Amien juga tidak mengabaikan ilmu-ilmu modern dalam jenjang pendidikan formalnya. Sebab, MTA Al-Amien Prenduan berdiri untuk memberikan contoh bahwa dikotomi antara ilmu agama dan umum adalah hal yang keliru. Justru, ilmuan-ilmuan hebat Islam ketika kecil telah menguasai, bahkan menghafalkan Al-Qur’an. Sehingga, Al-Qur’an yang mereka pahami menjadi wordview akan pentingnya ilmu pengetahuan, terutama dalam bidang sains dan teknologi. Hal demikian disebabkan umat Islam sendiri tidak mengetahui bahwa kitabnya juga membahas tentang sains dan mengangkat derajat siapa saja yang berilmu.
Program menghafalkan Al-Qur’an di pondok ini dibagi menjadi dua, yaitu program 12 juz dan 30 juz atau takhassus, menyesuaikan kemampuan yang dimiliki santri. Para santri juga tidak sekadar menghafal saja. Mereka juga dituntut untuk paham dan mengerti apa yang mereka hafalkan. Maka, pelajaran dalam kelas formal juga mempelajari ilmu nahu dan saraf sebagai ilmu alat untuk dapat memahami teks Arab, seperti Al-Qur’an dan kitab-kitab klasik (gundul).
Santri pesantren ini juga diwajibkan menggunakan bahasa asing, yaitu Arab dan Inggris dalam berkomunikasi sehari-hari. Ini dimaksudkan sebagai langkah tepat untuk dapat melatih kecerdasan verbal linguistic dan memudahkan santri untuk memahami bahasa Arab dalam Al-Qur’an dengan tepat.