Sementaraitu, dalam jenjang sekolah formal, MTA Al-Amien Prenduan juga mendirikan SMP, SMA dengan jurusan IPA dan IPS. Ada juga MA yang berfokus pada ilmu keagamaan. Para santri hanya tinggal memilih kelas mana yang kiranya dapat melatih kemampuan mereka dalam bidang akademik. Laboratorium IPA, Laboratorium Bahasa, dan Laboratorium Komputer juga menjadi fasilitas yang disediakan oleh pihak pondok agar santri dapat mengembangkan kualitas akademiknya di sekolah. Di dalam masing-masing gedung juga terdapat perpustakaan untuk menambah literasi para santri agar tidak gagap tentang ilmu pengetahuan modern.
Kegiatan-kegiatan yang dapat menunjang kecerdasan santri juga disediakan seluas-luasnya oleh pihak pesantren. Misalnya, untuk kecerdasan bermusik, santri dilatih dengan adanya grup-grup rebana, band, dan drumband. Untuk mengasah bakat para santri, di dalam pondok juga terdapat klub teater, jurnalis, kartunis, dan kelompok bahasa sebagai wadah pengembangan bakat minat santri. Para santri yang punya bakat dalam olahraga, juga difasilitasi dengan adanya lapangan futsal, bola lapangan, voli, tenis meja, dan lain sebagainya.
Selain itu, santri juga dilatih dalam mengolah logika dan kata dengan adanya agenda berpidato, berdebat, dan diskusi tentang isu kekinian setiap minggunya. Santri juga diberikan kesempatan untuk bisa menjadi khatib di Masjid Jami’ Al-Amien dengan menggunakan bahasa Arab. Kepercayaan diri para santri benar-benar dilatih agar suatu saat bisa menjadi pemimpin yang dapat membawa umat menjadi lebih baik.
Masih banyak kegiatan dan wadah yang diberikan oleh MTA Al-Amien Prenduan dalam melakukan ikhtiar sebagai tempat pendidikan yang mencetak para ilmuan. Dengan fondasi keilmuan yang berlandaskan Al-Qur’an dan sunnah yang mereka hafalkan, semoga MTA Al- Amien Prenduan dapat mencetak kader-kader mundziru al-qoum yang mutafaqqih fi ad-dien, berjiwa IMTAQ, berakhlak qurani, berbekal IPTEK, dan memiliki ciri-ciri khusus sebagai hamalatul qur’an yang mampu mengimplemintasikan nilai, ajaran dan isi kandungan Al-Qur’an dalam kehidupan. Dengan itu akan lahir ilmuan-ilmuan hebat dengan basis ilmu keagamaan yang kuat.