Di Mekkah, ia menimba ilmu kepada beberapa ulama, di antaranya Syiekh Abdul Qadir al-Mandily, Syiekh Sholeh Bafadil, Syiekh Khotib Sambas, Syiekh Ahmad Sumbawa, Syiekh Ali Maliki, Syiekh Abdur Rahman, Syiekh Umar Bajuned, dan lainnya.
Setelah 13 tahun lamanya menuntut ilmu di Mekkah, Syiekh Musthafa Husein pulang ke tanah air. Ia mulai berdakwah kepada masyarakat dan mengembangkan Islam ahlussunnah wal jama`ah. Ia mendirikan pondok yang sekarang santrinya mencapai belasan ribu. Santri-santri tersebut berasal dari berbagai provinsi, bahkan ada yang dari negara tetangga seperti Malaysia.
Syiekh Musthafa Husein wafat pada 1955. Selanjutnya, pengasuh pesantren Musthafawiyah beralih ke putra sulungnya, H Abdullah Musthafa. Sekarang, pimpinan pondok tersebut dipegang oleh H Bakri bin Abdullah bin Musthafa bin Husein bin Umar Nasution.
Sistem Pembelajaran
Yang menjadi kekhasan dari Ponpes Musthafawiyah adalah penguasaan para santri terhadap kitab kuning. Yakni, kitab ulama klasik yang dicetak dengan kertas berwarna kuning dan tulisannya tidak berbaris. Tentu saja untuk dapat memahami kitab tersebut para santri terlebih dahulu harus memahami ilmu alat, seperti nahu, saraf, balaghah, imlak, dan lain sebagainya.