Pembelajaran di ponpes tersebut disesuaikan dengan tingkatannya, yang kesemuanya menggunakan kitab kuning dari tingkat terendah sampai tertinggi. Sedangkan, acuan kurikulum yang digunakan berkiblat pada madrasah tempat pendiri menimba ilmu agama, yaitu madrasah al-Shalatiyah al-Hindiyah, Mekkah.
Ilmu fikih yang dikembangkan di Pesantren Musthafawiyah bermadzab Syafi`iyyah. Hingga saat ini, Musthafawiyyah masih menggenggam erat tradisi pesantren yang telah diajarkan pendirinya. Hal tersebut dapat dilihat dari kitab yang digunakan untuk belajar, tata cara santri berpakaian, hingga tempat tinggal santri.
Kitab fikih yang digunakan untuk belajar antara lain Matan Ghayah wa Taqrib, Hasyiah Bajuri, Hasyiah al-Syarqawi, dan kitab lainnya. Sedangkan, kitab yang digunakan dalam bidang akidah antara lain Kifayatul Awam, Hasyiah Dusuki Ala Umm al-Barahin, Husnul Hamidiyyah, dan juga kitab lainnya.
Mengutip dari artikel yang ditulis oleh KSI Al Khoirot bahwa KH Sirajuddin Abbas dalam buku karyanya yang berjudul “Keagungan Madzab Syafi’i sebagai Penyebar Madzab Syafiiyyah di Indonesia” telah menulis nama Syiekh Musthafa Husein di dalamnya. Fikih mazhab Syafi`I dan ajaran ahlussunah wal jamaah juga disebarkan oleh santri-santri Musthafawiyah kepada masyarakat luas.
Pendidikan di sini umumnya ditempuh selama tujuh tahun. Alumninya telah benyak bertebaran di berbagai provinsi di Indonesia, terutama Sumatera Utara, Sumatera Barat, Riau, Aceh, dan lainnya. Tak sedikit alumni yang meneruskan studi mereka ke Mekkah, Mesir, Maroko, Sudan, Suriah, dan negara lainnya.