Namun, perbedaan tersebut tidak boleh dipahami sebagai pertentangan absolut. Keduanya justru menunjukkan bahwa Islam memiliki ruang luas bagi ragam penafsiran. Ketika NU menekankan kesinambungan tradisi, Muhammadiyah menekankan pembaruan. Ketika satu manhaj menonjol dalam aspek sosial-budaya, manhaj lainnya unggul dalam rasionalitas dan efektivitas. Dua pendekatan ini saling melengkapi dan memperkaya wajah Islam Indonesia.
Pada akhirnya, dialektika manhaj NU dan Muhammadiyah adalah bukti bahwa perbedaan bukan ancaman, melainkan sumber kekuatan. Perbedaan pandangan dalam penafsiran ajaran Islam mendorong umat untuk berpikir kritis, tidak terjebak pada fanatisme sempit, dan menyadari bahwa kebenaran tidak dimonopoli oleh satu kelompok. Justru melalui dialog, toleransi, dan keterbukaan ilmiah, kedua organisasi ini dapat bersama-sama menjaga kematangan intelektual dan harmoni umat.
