Sementara itu, Muhammadiyah lahir dari semangat purifikasi dan modernisasi. Manhajnya bertumpu pada pendekatan tajdid yang menempatkan Al-Qur’an dan hadis sebagai rujukan langsung dalam pengambilan hukum, dengan porsi rasionalitas yang lebih besar. Metode tarjih Muhammadiyah tidak terikat pada satu mazhab tertentu. Sebaliknya, organisasi ini memilih pendapat yang dianggap paling kuat berdasarkan argumentasi dalil dan analisis kritis. Karena itu, Muhammadiyah sering kali menghasilkan fatwa yang berbeda dari NU, meskipun keduanya merujuk pada sumber yang sama.
Dialektika manhaj antara NU dan Muhammadiyah tampak dalam berbagai isu, mulai dari penentuan awal Ramadan atau Idul Fitri, praktik ibadah, hingga persoalan sosial kemasyarakatan. Misalnya, NU lebih mempertahankan praktik keagamaan berbasis tradisi lokal seperti tahlilan atau maulid, karena dipandang tidak bertentangan dengan syariat dan memiliki nilai sosial. Sebaliknya, Muhammadiyah menilai praktik tersebut perlu ditimbang ulang berdasarkan kemurnian ajaran, sehingga sebagian dianggap tidak memiliki landasan kuat dalam hadis yang sahih.
