Tuntutan zaman yang ada memang menimbulkan pengaruh yang cukup besar terhadap perubahan di berbagai sektor. Salah satu yang terkena imbasnya ialah sektor pendidikan, khususnya pendidikan pesantren. Mau-tidak mau, pendidikan pesantren harus mampu menghadapi dan menyesuaikan arus perubahan tersebut. Penyesuaian itu kemudian bertujuan agar dunia pendidikan pesantren tetap eksis dan relevan untuk dijalankan.
Dilihat dari sejarahnya, pesantren memiliki usia yang sama tuanya dengan Islam di Indonesia. Syekh Maulana Malik Ibrahim dapat dikatakan sebagai peletak dasar-dasar pendidikan pesantren di Indonesia.
Pesantren pada masa awal pendiriannya merupakan media untuk menyebarkan Islam di Indonesia, sehingga pesantren memiliki hubungan yang erat dengan kehidupan masyarakat. Hingga saat ini, pesantren terus berkembang dan bertambah. Data kementrian agama menunjukkan, ada 27.722 pondok pesantren yang aktif dengan jumlah santri yang menembus angka 40 juta orang.
Dari banyaknya pesantren yang ada, masih ada pesantren yang masih menjunjung tinggi nilai-nilai budaya yang sudah ada sejak awal kemunculan pondok pesantren. Ada juga yang menyadari akan keharusan menjawab tantangan zaman dengan mereformasi sistem pendidikan di dalamnya.
Tuntutan zaman itulah yang menjadikan salah satu pemikir modernis Islam Indonesia, Nurcholish Madjid memunculkan gagasan untuk mentranformasikan pendidikan pesantren. Sebab, ia menganggap bahwa pesantren adalah tempat yang sangat tepat dalam mewujudkan peradaban yang maju, sehingga diperlukan fleksibelitas dalam sistem dan pengajarannya.