Kedua, adanya pemahaman parsial atau dikotomi yang memisahkan antara ilmu agama dan sains. Mereka yang masih beranggapan demikian berpikir bahwa ilmu-ilmu umum tidak lebih penting dari pada ilmu agama. Anggapan di atas menyebabkan terjadi polarisasi antara mana yang lebih penting di antara kedua ilmu tersebut. Padahal, polarisasi yang dimaksud sebenarnya tidak ada. Islam sangat mendukung kemajuan ilmu pengetahuan, sains dan teknologi. Sehingga kesatuan ilmu pengetahuan menjadi pemahaman yang harus diperhatikan dalam sistem pendidikan pesantren.
Kedua masalah tersebut yang kemudian menjadi acuan Cak Nur dalam menggagas transformasi pendidikan Islam yang berkemajuan atau bisa disebut modernis. Maju dalam artian dapat menyesuaikan dengan perkembangan zaman, kemudian dapat memadukan kemajuan tersebut dengan nila-nilai etika Islam yang menjunjung tinggi moralitas.
Pada dasarnya, Nurcholish Madjid ingin memadukan antara yang tradisional dan modern yang diharapkan mampu menjawab tantangan zaman di masa depan. Peradaban Barat yang dianggap modern masih dirasa sangat kurang dalam hal etika dan moral. Maka dipandang perlu adanya transformasi pendidikan yang mengedepankan nilai kemajuan yang berperan besar di masa depan. Akan tetapi, tidak meninggalkan nilai-nilai ke-Islaman yang akan menjadi patokan etika dan moral. Tentu hal demikian dapat direalisasikan di lembaga pesantren.
Tentu sumbangsih pemikiran Cak Nur ini tidak terlepas dari tujuan pendidikan pesantren yang ingin menciptakan dan mengembangkan kepribadian muslim yang bermanfaat bagi agama, masyarakat dan negara, serta membentuk manusia yang memiliki kesadaran tinggi bahwa ilmu pengetahuan Islam sesungguhnya meliputi lingkup yang amat luas, yaitu tentang Tuhan, manusia dan alam termasuk matematika, astronomi, dan ilmu bumi matematis sebagaimana terbukti dari banyaknya istilah-istilah modern (Barat) di bidang-bidang itu berasal dari para ilmuan muslim.