Sedangkan, tahap ketiga mulai 1986-1990 M. Dalam tahap ini, Shahrur mulai intensif menyusun pemikirannya dalam topik-topik tertentu. Pada 1986-an akhir dan 1987 M, ia menyelesaikan bab pertama dari al-Kitab wa al-Qur’an, yang merupakan masalah-masalah sulit. Bab-bab selanjutnya diselesaikan sampai 1990 M.
