Pesantren modern setingkat lebih luas cakupannya, untuk tidak mengatakan lebih unggul. Menerima dan menerapkan konsep pendidikan formal dan tetap mempertahankan pendidikan atau pengajaran tradisional. Mendirikan bangunan untuk sekolah SMP/sederajat, SMA/sederajat, dan Perguruan Tinggi. Diniyah pun diikutkan dalam legal-formal peraturan Kementrian Agama. Mendapat ijazah. Selain tetap mempertahankan mengaji di musala atau masjid.
Beberapa pesantren melakukan perubahan sistem pendidikan dari tradisional menjadi modern karena sebagaimana yang tertuang dalam paragraf awal, laju perubahan, perkembangan zaman, dan pembangunan negara menuntut adanya kontekstualisasi. Perubahan harus direspons, bukan dihindari apalagi ditolak. Jargon ini menjadi dasar perubahan itu.
Pesantren saya, misalnya, Mambaush Sholihin, dahulu kala, awal berdiri hanyalah kegiatan mengaji Al-Quran dan kitab kuning di musala. Lambat laun sejalan usia bertambah, kemampuan semakin meningkat baik dari sektor ekonomi, SDM, maupun kepribadian (jiwa dan spiritualitas) Romo Kiai sendiri, membangun infrastruktur sebagaimana sekarang berdiri. Membuka sekolah formal; mendirikan Madrasah Tsanawiyah, Madrasah Aliyah, dan perguruan tinggi. Dengan tetap mempertahankan tradisi lama, mengaji bandongan Ihya Ulumuddin dan kitab fikih, iqna’ di musala bersama Romo Kiai H Masbuhin Faqih dan terkadang digantikan putra beliau, Agus Huda.
Selain itu, menerapkan wajib dwi bahasa. Berbicara memakai Bahasa Arab dan Inggris. Qiila wa qiila, kabar dari mulut ke mulut, pesantren ini mengambil tiga konsep unggul dari tiga pesantren. Segi kitab kuning merujuk ke Pesantren Langitan Tuban. Segi modern, kedisiplinan, dan bahasa dari Pesantren Gontor. Segi wirid atau amaliah harian dari pesantren asuhan al-‘Arif Billah Kiai Usman al-Ishaqi.
Perpaduan, untuk menghindari istilah perubahan, antara tradisional dan modern ini memunculkan sebuah adagium yang berbunyi, al-Muhafadhoh ‘ala al-Qadiimi al-Ashlah wa al-Akhdzu bi al-Jadiidi al-Shoolih. Artinya, memegang, mempertahankan, dan menjaga tradisi dahulu yang lebih baik dan mengambil, mengakomodasi, dan mencontoh tradisi baru yang baik.