Adapun, misi yang hendak dikembangkan Ma’had Aly ke depan seperti tercantum dalam Keputusan Menteri Agama Nomor 284 Tahun 2001 tentang Ma’had Aly pasal 4 meliputi beberapa hal berikut:
Pertama, mengadakan kajian Islam secara menyeluruh dan utuh atau komprehensif agar bangsa dan negera Indonesia mampu menghadapi tantangan zaman dengan tetap berpijak pada jati diri bangsa dan negara.
Kedua, mengembangkan sistem pendidikan pondok pesantren yang mampu mengembangkan IPTEKS (Ilmu Pengetahuan, Teknologi, dan Seni) lengkap dengan pemanfaatannya dalam bingkai Islam.
Pada 2007, pemerintah mengeluarkan keputusan baru terkait penyelenggaraan Ma’had Aly sebagai lembaga perguruan tinggi khas pesantren yang bisa diselenggarakan secara mandiri tanpa bekerja sama dengan Direktorat Pendidikan Tinggi Islam. Peraturan Pemerintah (PP) Nomor 55 Tahun 2007 tentang Pendidikan dan Keagamaan menyebutkan bahwa pendidikan diniyah jenjang perguruan tinggi adalah Ma’had Aly. Dengan naungan hukum yang lebih jelas, akhirnya dicetuskan penjenjangan Ma’had Aly menjadi Marhala Ula (S1), Marhalah Wustha (S2), dan Marhalah Ulya (S3).