Biasanya, satu Ma’had Aly memiliki konsern tertentu, takhashshush, dalam bidang atau disiplin ilmu tertentu; misalnya khusus mendalami ilmu fikih dan usul fikih, ilmu tasawuf dan filsafat, serta tafsir dan ilmu tafsir.
Sebagai bukti kekhususannya, beberapa Ma’had Aly menggunakan kurikulum berbasis kitab kuning. Misal, pada Ma’had Aly Situbondo sejak awal didirikan memilih konsern fikih dan ushul fikih. Contoh lain pada beberapa Ma’had Aly di Aceh. Penyusunan mata kuliah hanya berisi kitab kuning, misalnya yang konsentrasinya dalam tafsir, kitab-kitabnya antara lain: Tafsir Jalalain, Tafsir Khazin, Tafsir al-Thabari, Tafsir al-Qurthubi, Tafsir Ibnu Kasir, dan kitab tafsir lainnya.
Adapun, yang konsentrasi dalam bidang fikih dan ushul fikih, mata kuliahnya antara lain; Ghayat al-Wushul Syarh al-Ushul karya Syaikh Zakariya al-Anshari, al-Muwafakat karya Imam Abu Ishaq al-Syathibi, al-Mawahib al-Saniyyah Nadhom Faraid al-Bahiyyah karya Abdullah bin Sulaiman al-Jarhuzi al-Syafi’i, beserta kitab fikih dan usul fikih lainnya.
Dengan model konsentrasi program pendidikan sepeti itu, santri Ma’had Aly diharapkan mampu menguasai betul beberapa kitab kuning. Misalnya, para santri diharapkan hapal istilah-istilah yang terdapat dalam kitab Minhaj al-Thalibin, Qawa’id al-Fiqhiyah, dan Qawa’id al-Ushul. Juga mampu memahami formulasi nalar fikih para ulama dalam menetapkan hukum Islam (istinbath al-hukm).