Sudah jamak diketahui dalam perjalanan hidupnya, Gus Dur dikenal sebagai figur publik (tokoh) kemanusiaan dan ikon toleransi di Indonesia. Gus Dur bukan sekadar seorang ulama dari kalangan Nahdlatul Ulama (NU), tapi juga merupakan pahlawan bagi seluruh bangsa Indonesia. Tidak mengherankan jika laku hidupnya banyak dijadikan panutan/teladan bukan hanya umat Islam, melainkan seluruh umat beragama di Indonesia.
Pemikiran Gus Dur memberikan warna tersendiri dalam dinamika intelektual muslim di Indonesia. Alih-alih ia diposisikan sebagai intelektual muslim progresif dan kritis, kecaman dan caci maki yang diperolehnya bahkan dicap kafir karena pemikirannya dianggap kontroversial. Walau begitu, Gus Dur menjadi inspirator bagi banyak intelektual muda, terutama dari kalangan NU.
Salah satu ciri pemikiran Gus Dur yang sudah akrab diketahui adalah keinginannya untuk selalu mencari dataran-dataran baru yang bisa menjadi jembatan (titik temu) bagi berbagai perbedaan, seperti wacana pluralisme dan toleransi yang kerap digelorakan dalam setiap kesempatan. Sehingga menurutnya, merawat dan menjaga toleransi merupakan keniscayaan untuk terciptanya keharmonisan hubungan antarumat beragama. Sebab, jika sampai rusak keharmonisan itu akan sangat sulit untuk dipulihkan kembali.
Bagi Gus Dur, toleransi bukan persoalan epistemologi yang kerap membutuhkan definisi, tetapi ia adalah aksiologi dari konsep-konsep yang bersifat normatif dalam Islam. Karena kehadirannya pun bersamaan dengan topik pluralisme. Jika pluralisme membicarakan soal bagaimana realitas kemajemukan agama dapat diterima, maka toleransi lebih menekankan bagaimana berperilaku dalam kemajemukan tersebut.
Dalam menandaskan gagasannya tentang konsep toleransi, Gus Dur tetap berpegang teguh pada ayat-ayat Al-Quran dan Hadis. Misalnya, QS. Al-Anbiya’ ayat 107, yaitu.
ومآ أرسلناك الا رحمة للعالمين
Artinya: “Dan tiadalah Kami mengutus kamu, melainkan untuk (menjadi) rahmat bagi semesta alam.”