Menurut Gus Dur, lafaz rahmatan lil ‘alamin dalam ayat tersebut tidak sekadar mengandung arti sebagai umat manusia semesta. Tetapi sebagai makhluk yang ada di dunia ini. Artinya, Islam adalah sebagai agama yang menjadi pelindung semua makhluk di muka bumi ini. Pun, perlindungan yang dimaksud bukan dalam kerangka kualitas antara mayoritas-minoritas maupun kuat-lemah, melainkan sebuah tanggung jawab yang mengarah pada terbentuknya suatu ikatan persaudaraan.
Dalam hal ini, Gus Dur juga mengutip Hadis, yaitu.
اِرحَمُوا مَن في الأرض يَرْحَمْكُمْ مَن في السَّماء
Artinya: “Sayangilah siapa pun orang yang ada di bumi maka akan menyayangi pula Dzat yang ada di langit”. (HR. Tirmidzi, dinyatakan hasan sahih oleh Tirmidzi dan disahihkan al-Albani).
Oleh karena itu, sikap toleransi tidak bergantung pada kualitas pendidikan seseorang, melainkan adalah mencakup hati dan perilaku. Orang yang bersikap toleran tidak mesti memiliki kekayaan, jabatan dan lain-lain. Bahkan, menurut Gus Dur, semangat toleransi acapkali lahir dari seseorang yang tidak pintar, tidak kaya, dan kehidupannya biasa-biasa saja (berkecukupan).
Dengan demikian, jelaslah bahwa konsep toleransi ala Gus Dur bukan sekadar menghormati atau tenggang rasa, tetapi harus diwujudkan dalam bentuk pengembangan rasa saling pengertian yang tulus dan dilanjutkan dengan saling memiliki dalam kehidupan menjadi ukhuwah basyariyah. Dengan kata lain, toleransi tidak sekadar mengarah pada penghormatan dan pengakuan. Tetapi lebih dari itu yakni menerima atas segala perbedaan baik agama maupun status sosial. Atau, toleransi ala Gus Dur lebih mengaksentuasikan praktik (aksi) daripada teori (penghormatan dan pengakuan).
Dari sini tampak bahwa Gus Dur memberikan artikulasi dari sebuah relasi yang bersifat aktif dalam kerangka lebih besar, yakni terciptanya kehidupan damai, setara, dan berkeadilan dalam kehidupan berbangsa dan bernegara. Apalagi, Indonesia sebagai negara plural dan multikultural yang terdiri dari beragam suku, etnis, agama, bahasa, dan budaya, terutama dikenal mayoritas penduduknya adalah muslim terbesar di dunia merupakan keniscayaan untuk mengaktualisasikan konsep toleransi ala Gus Dur dalam laku hidup sehari-hari.