Dari semenjak berdiri, Pondok Pesantren Pembangunan Miftahul Huda atau lebih dikenal dengan Pesantren Cigaru ini telah mengalami lika-liku perjuangan yang panjang. Secara garis besar, kini pesantren yang berada di Cigaru, Majenang, Cilacap, Jawa Tengah ini sudah bisa dikatakan memasuki lima masa atau periode perjalanan sejarah.
Masa Embrional (1920-1935)
Pada masa ini, Pesantren Cigaru hanya memiliki beberapa santri saja bahkan di bawah 10 santri yang diasuh oleh KH Abdul Madjid. KH Abdul Madjid sebenarnya berasal dari Desa Klangon, Karanganyar, Kebumen. Namun, beliau bermukim ke Cigaru dan mendirikan masjid atas bantuan lurah yang bernama Karmanom. Kemudian masjid Cigaru terkenal dengan sebutan namanya “Karmal Madjid” Gabungan dari nama Karmanom dan Abdul Madjid.
Seiring berjalannya waktu, wibawa dan kharisma beliau mulai nampak serta berpengaruh ke dalam masyarakat sekitar. Dan itu juga tidak bisa dilepaskan dari para santrinya yang ikut merintis dan memperjuangkan Pondok Pesantren Cigaru, di antaranya ada Salaman, Dimungkinkan, Salam, Sairodi, Mad Karman, dan Yasir.
Dari sinilah awal mula berdirinya Pesantren Cigaru, yang kemudian berkembang pesat setelah pesantren ini diwariskan kepada menantunya, yaitu KH Sufyan Tsauri.
Masa Perkembangan (1935-1948)