Pada masa ini, pesantren diasuh KH Sufyan Tsauri, menantu dari KH Abdul Madjid. Dengan berpegang teguh pada amanat sang mertua, maka KH Sufyan Tsauri dalam waktu yang relatif singkat bisa membawa perubahan yang cukup drastis. Pesantren Cigaru telah dipenuhi oleh para santri yang berdatangan dari berbagai pelosok Pulau Jawa, bahkan ada yang datang dari Singapura dan Malaysia.
Di masa ini, Pesantren Cigaru boleh dikatakan menjadi sumber ilmu pengetahuan agama Islam untuk wilayah Banyumas Barat. Bukan hanya itu, Pesantren Cigaru juga melahirkan alumni yang berpengaruh di tengah-tengah masayarakat dan pemerintahan.
Masa Fatroh (1948-1964)
Ketika Pesantren Cigaru sedang jaya-jayanya, di saat yang bersamaan pula rakyak Indonesia sedang hebat-hebatnya melakukan revolusi fisik dalam upaya mempertahankan kemerdekaan. KHSufyan Tsauri juga ikut bergerilya bersama anak buah dan juga para santrinya. Maka secara otomatis pesantren berada dalamnya keadaan kosong.
Demikian halnya dengan masa depan Pesantren Cigaru setelah wafatnya KH Sufyan Tsauri, keadaan semakin hari kian mundur akibat situasi politik. Pada 1950-an, Pesantren Cigaru bisa dikatakan mati suri.
Masa ini menjadi lembaran hitam yang paling menyakitkan, di mana putra almarhum belum ada yang dewasa, sedangkan KH Salamun menjadi korban fitnah yang kemudian dimasukkan ke penjara Nusakambangan bersama tokoh-tokoh umat Islam lainnya.