Kedatangan para santri ini juga diatur sesuai protokol kesehatan. Saat akan memasuki lingkungan pondok, mereka harus menunjukkan surat keterangan sehat dan menjalani pemeriksaan rapid test. Begitu sudah masuk pondok, para santri ini akan dikarantina terlebih dulu selama 15 hari di kamar masing-masing untuk memastikan status kesehatan mereka. Setelah masa karantina selesai, barulah santri bisa mengikuti belajar.
Namun begitu, pihak pondok belum bisa memastikan kapan santri Pondok Krapyak dari luar Yogyakarta diizinkan kembali ke pondok.
“Santri yang dari luar kita masih menunggu hasil evaluasi karantina pertama. Jadi kami belum bisa menentukan kapan, tapi yang jelas setelah minimal 15 hari karantina pertama selesai, itu pun kita belum bisa menentukan apa akan pas 15 hari setelah itu atau tidak,” kata Sekretaris Yayasan Pondok Pesantren Ali Maksum Krapyak, Maya Fitria, kepada wartawan, Rabu (1/7/2020).